macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

bed

低複雑度領域由来のリードを除去する RepeatSoaker

次世代シークエンシング(NGS)技術は、主に、DNA / RNAサンプルからの数百万回のリードの超並列シーケンシングに基づいており、リード長は増加している[論文より ref.1,2]。 NGSのコストは急速に低下し、その結果、転写を研究するためにマイクロアレイの使…

バクテリアをstrainレベルで検出する StrainSeeker

病原性細菌の検出には、細菌病原体を迅速に同定する必要がある。このために、通常、病原体は単離され、PCRや全ゲノム配列が行われる。分子タイピングの主な目標の1つは、病原体をクローン群に分類することである。なぜなら、同じ種の系統は宿主に対して大き…

FASTQ、BED、BAMを操作するNGSUtilsその2 bedutils

bed

2回目はbedを操作するbedutilsを紹介する。 インストール 公式ページ NGSUtils - bedutils git clone git://github.com/ngsutils/ngsutils.gitcd ngsutils/make #依存がインストールされる(詳細はwebマニュアル参照) $ ./bedutils Usage: bedutils COMMAN…

BEDフォーマット

UCSCのゲノムブラウザーなどで使うフォーマットである。最初の3列が必須で、オプションでさらに9列情報がつく場合がある、BED形式は、最近ではインフォマティクスツールに使われる事もある。 最初の3列に記載する情報 クロモソームの名前(e.g., chr1) リ…

BEDOPSを使いVCF, GTF, GFF などを BED に変換 する。

BEDヘの変換はawkやperlやpythonのスクリプトで簡単にできるが、BEDOPSのvcf2nedを使うと、indelの種類などによってフィルタリングしながら分類することができ便利である。 BEDOPSがない人はbrewで入れておく。 brew install BEDOPS 公式マニュアル http://b…

bedtoolsでpromoter配列を抽出する。

Biostarとbedtoolsの公式サイトに、bedtoolsを使ったpromoter配列の抽出の仕方がまとめられている(How To Use Bedtools To Extract Promoters From A Mouse Bed File)。試してみる。 このようなbedファイルの各featureの上流を抽出する。 user$ head -5 ge…

bedtools

BEDファイルのオーバーラップ領域を抽出したり、マージしたりできるツール。BED以外にGFF、VCFも扱うことができる。bedtools <command> -a .bed -b .bedという使い方が基本。-aで指定したbedを-bで指定したbedと比較する。出力はリダイレクト(>)で指定しないと標準</command>…