macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

OTU

メタゲノムのOTU解析を行う singleM

2024/02/01 論文引用 Githubより SingleMは、参照配列データベースに過度に依存することなく、ショットガンメタゲノムデータから直接、個別の操作的分類単位(OTU)の存在量を求めるツールである。このツールは、近縁の生物種を区別することができ、その生物…

メタゲノミクスデータ中のバクテリオファージの解析、アノテーション、分類のための自動化パイプラインMetaPhage

2022/09/08 論文引用 ここ数十年、微生物叢、特にヒトの腸内細菌叢の研究と特性評価に大きな関心が寄せられ、常在微生物が人体の正常な解剖学的発達と生理的機能に極めて重要な役割を果たすことが明らかにされている。異なる環境を特徴づける複雑な細菌の動…

メタゲノムアセンブリのコンタミネーションを調べる magpurify

ヒトの腸内細菌叢の多くの種のゲノム配列は、実験室条件下での微生物の培養が困難であることが主な理由で、依然として不明である。本研究では、地理的にも表現型的にも多様なヒトの3,810の糞便メタゲノムから60,664の原核生物のドラフトゲノムを再構築するこ…

インタラクティブなマイクロバイオーム分析と可視化のためのR shinyアプリケーション animalcules

ヒトの健康や病気の形成に腸内細菌叢が果たす複雑な役割は、培養に依存しない分子ベースのハイスループットシーケンシング技術が利用できるようになったこともあって、近年、精力的に調査・研究が行われている。ヒトのすべての宿主は、平均500~1000種の異な…

16S rRNA OTUピッキングと視覚化を行うデータベース OTUX

多くのマイクロバイオーム研究では、リファレンスベースのoperational taxonomic unit (OTU)picking法を採用しているが、一般的には、完全長16S rRNA遺伝子のクラスタリングによって同定されたリファレンスOTUをカタログ化したデータベースに依存している…

ウィルスアノテーションパイプライン VAPiD

シーケンシング技術がより安価でより入手しやすくなるにつれて、ゲノムシーケンシングはますます普及してきている。小規模のグループでは、単独で分析できるよりも多くのシーケンスデータが生成されている。これらのデータから最大の科学的および公衆衛生的…

メタゲノムの既知および未知バクテリアの存在量を推定single-copy phylogenetic marker genesに基づいて見積もる mOTUs2

2019 4/26 mergeエラー修正及び追記 2019 7/2 インストール追記 2019 8/6 リンク追加 2020 4/18 condaインストール追記 2020 8/24 インストール 追記 微生物は、地球上の生命や環境中の地球化学的プロセスに影響を与える、相互作用する種の複雑な共同体に住…

review article要約 16Sアンプリコンシーケンシングによる微生物コミュニティの定量

いくつかの例を挙げると、微生物群集は、地球規模の元素循環、排水処理プラントでの廃棄物除去、およびバイオガスプラントでのメタン生産を促進する、多くの自然および人工生態系における隠れたチャンピオンである。これらのシステムを理解しモデル化するた…

シーケンシングデータのハプロタイプを可視化し、リードを分類する HapFlow

2018 11/3 誤字修正 2019 3/18 freebayes追記 ハイスループットシーケンシング技術の出現により、バクテリア集団のシーケンシングのような新しい実験的アプローチが可能になった。感染は、しばしば同じ種の複数の株を含んでおり(Darch et al、2015; Taylor …

rRNAを除く SortMeRNA

2020 2/5 condaインストール追記 2020 6/16 コマンドが大きく変更したため更新(v2.1) 2020 12/9 unmapを出力するようにコマンドを修正, 再びhelp更新(v4.2) 次世代シーケンシング(NGS)技術を生物群集から直接抽出したRNAに適用すると、コーディン…

メタゲノムデータを種レベルで検出し割合を計算するmOTUとfetch-MG

追記9/5;ソフト名や使い方を勘違いしておりましたので修正します。 環境サンプル中の種の多様性を評価する手法として16S rRNA遺伝子を特異的に増幅する手法がよく知られているが、種によっては配列の異なるrRNA遺伝子を複数持つことがある。ここにPCR増幅の…