macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

CRISPR

メタゲノムのファージ配列分析webサーバー VirMiner

2019 6/15 誤字修正 ウイルスは、それらの恒常性および進化に寄与する微生物群集の必須の構成要素である。ヒトの腸内細菌叢のウイルス群集はバクテリオファージが支配的である[ref.1]。ファージは遺伝子水平伝播(HGT)[ref.2]によって細菌群集の構造と機能…

メタゲノムシーケンシングリードからCRISPRスペーサーを検出する MetaCRAST

原核生物のゲノムに見られる clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) arraysは、我々がより多くの生態系において重要なウイルス - 微生物相互作用をよりよく理解するのを助け得る。ウイルスは溶菌感染を介して細胞内の栄養を生…

ゲノムのCRISPR座位を見つけるwebツール CRISPRCasFinder

Clustered regularly interspaced short palindromic repeats(CRISPR)および関連タンパク質(Cas)は、CRISPR-Casシステムを形成する。 CRISPRは、スペーサーと呼ばれる同じサイズのユニークな配列で区切られた、24〜50 bpの長さのダイレクトリピートまた…

Freiburg RNA tools

RNA生物学は分子生物学および生物医学研究における重要なtopicである。biological systemsにおけるRNAの機能は e.g., 病気のプロセスに関するイノベーション(1)からCRISPR-Casに基づく最近の遺伝子編集のイノベーション(2,3)に至るまで、複雑で範囲が広…

バクテリオファージのホストを推測する HostPhinder

2012年、世界保健機関(WHO)は抗生物質時代の終焉の始まりと、ささいな細菌感染でさえ致命的になる時代に戻りうることを発表した[論文より ref.3]。それ以来、抗生物質耐性の問題は増大し続けており、WHOレポート「Antimicrobial resistance: global report…