macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2015

異なるphylogenetic cladesで保存されているタンパク質を検索するwebサービス PhyloGene

同じパスウェイ、タンパク質複合体、または同じ環境条件で機能するタンパク質は、系統発生クレード全体で類似した配列保存パターンを示すことがある。特定のタンパク質複合体またはパスウェイをもはや必要としない種では、これらのタンパク質は、グループと…

データベースのFASTAファイルをBLASTでのアラインメントに適した小さな断片に分割する AlignBucket

次世代シークエンシング時代では、増え続ける生物学的配列やそのバリエーションを正確にアノテーションするための信頼性の高い、高速かつ効率的なアプローチが求められている。類似性検索に基づくアノテーションのtransferは、標準的なアプローチである。全…

真菌の遺伝子予測を行う CodingQuarry

全ゲノムシークエンスは、多くの生物の遺伝子コンテンツの調査を可能にし、遺伝子発現、プロテオミクス、エピジェネティクスのさらなる研究の基礎を形成している。新規ゲノムを構築した後、遺伝子のアノテーションを行うことが、生物の遺伝子内容を解析する…

GO enrichmet解析結果を視覚化する GOplot

オミクスデータの機能分析に利用できる方法が多すぎるにもかかわらず、結果の包括的なまだ詳細な理解を得ることは困難なままになっている。これは主に、この種の情報を視覚化するための公開ツールが不足しているためである。ここでは、グラフィック表示を強…

多変量データのクラスタリングと可視化を行うwebサービス ClustVis

2020 4/30 文章修正、タイトル修正 ハイスループット実験の出現により、研究者はしばしば多変量データに直面している。これらは、通常、行列として提示される。この種のデータは様々なソースから得られることがあり、例えば、特定の遺伝的パスウェイを調べる…

(スモールゲノム)de novoゲノムアセンブリとリファレンスゲノムを比較するGUIツール Contiguity

Contiguityは、de novoゲノムアセンブリの視覚化と操作のためのインタラクティブなソフトウェアである。 Contiguityは、コンティグの隣接関係に関する情報を作成して表示し、アセンブルされたコンティグとリファレンス配列との比較を同時に表示することで、…

anvi'oを使ってメタゲノム解析を行う

2020 4/22 追記 2020 5/20 コード修正 ハイスループットシーケンシングとオミックス技術の進歩は、自然界に存在する微生物群集の研究に革命をもたらしている。微生物のライフスタイルを包括的に調査するためには、遺伝情報を対話的に整理して可視化し、複雑…

Bandageを使ってアセンブリグラフからターゲットの配列を選抜する

2020 3/12 写真差し替え、誤字修正、タイトル修正 De novoアセンブルして得たcontig配列から特定の配列を選抜するにはどうすれば良いだろうか?全ゲノムのショットガンシーケンシングを行なっていても、目的の配列はそのサブセットでしかないことは頻繁にあ…

パンゲノム解析を行う roary

2020 3/19 4/6 スクリプト修正 2020 3/19 4/10 サンプル数が多い時のオプション追記 2020 4/13 追記 2020 5/11 リンク修正2020 5/25 わかりにくい文章を修正、roaryのランコマンド修正 インストール手順追記 2020 5/27 コメント追加 2020 6/7 ML法のコマンド…

CheckMのplotコマンド

checkmのゲノムアセンブリ評価コマンドについて以前紹介した。 ここでは、タイトルの通りCheckMのplotコマンドについて簡単に紹介する。このコマンドはbinningして得た一連のbinned.fastaのディレクトリに対して実行でき、ラフに各binを評価することができる…

gene featureを視覚化するwebサービス GSDS 2.0

遺伝子のエクソンやイントロンの組成や位置などの遺伝子の特徴を視覚化することにより、生物学者がアノテーションを統合し視覚的なプレゼンテーションを提供できるようになり、publication用の高品質な図の作成も支援される。したがって、FancyGene(Rambald…

biological sequences専用のイラストレーター IBS

簡潔で、繊細で正確な画像は、説明だけよりも大きな利点がある。さまざまな機能要素を備えた生物学的シーケンスのグラフィカルな表現は、分子生物学的機能の調査の過程で得られた科学的発見の効率的な導入と解釈のための基本である。現在、生物学者は主にMic…

VT

シーケンシングデータからバリアントをコールする方法は、一塩基多型(SNP)を超えて、短い挿入および欠失(indels)、短いタンデムリピート(STR)、MNP、構造変異(SV)などがターゲットになってきている。これらの異なるクラスのバリアントは、通常、Vari…

Uniprotデータベースに対する高速なタンパク質ホモロジーサーチを行う SANSparallel

近年、シーケンスの数が著しく増加している。これにより、データベース検索(ref.1〜4)がますます長くなり、無料のコンピューティングサービスと事前に計算されたデータベースが閉鎖に追い込まれたりまたは依存するようにクラウドソーシング(ref.5〜7)に…

UniProt のUniRef データベース

UniRefデータベース (UniProt Reference Clusters) は、UniProtナレッジベースと選択されたUniParcレコード(UniParc link)からクラスター化されたシーケンスセットを提供し、複数の解像度(100%、90%、50%の同一性)でシーケンススペースを完全にカバー…

ホモログ及びオルソログタンパク質を検索するwebデータベース orthoFind

相同配列を見つけることは、機能転移によるタンパク質の機能的アノテーションを可能にし、これらの配列が共通の進化起源を有するために推論され、そして進化研究の支持としてしばしば使用される[ref.1−3]。ホモログ内では、オルソログは種分化事象から進…

OrthoVenn2

注意 2019 6/24 追記 6/25 編集 すでに比較されているデータについては問題ありませんが、手持ちのmulti-fsstaをアップロードして調べる場合、シングルラインのfastaににしておかないとそれぞれのfastaの先頭行のみ使ってしまうようです。以下のperlスクリプ…

サンガーシーケンシングリードを自動でアセンブリしてアノテーションを行うwebサーバ deFUME

機能選択は、遺伝子の発見および機能的に検証されたアノテーションのための強力な技術を表す[ref.1、2]。この手法は、ランダムにクローニングされたゲノムDNAまたはメタゲノムDNAを、通常は短い(1〜3 kb)DNA断片として発現ベクターに組み込むことに依存し…

メタゲノムのアセンブル配列からウィルス由来配列を見つける VirSorter

細菌と古細菌に感染するウイルスはこれまでにサンプリングされたあらゆるタイプのバイオームにありふれており、豊富に存在する。ウイルス - 宿主相互作用は地球化学的循環からヒトの健康まで生態系機能を変化させる(Fuhrman, 1999; Wommack & Colwell, 2000…

非常に低いカバレッジのWGSデータからTEを推定する Transposome

ゲノムのリピートのアノテーションは、利用可能なツールが数多くあり、すべてが性能や精度に関して分析されていないという理由から、挑戦的な課題である(Leret、2010)。転移因子(TE)を同定するための現在のアプローチは、ゲノムアセンブリ(Ellinghaus e…

ロングリードを使ってcontigのscaffoldingを行う LINKS

2019 6/1 help追加、インストール追記 ロングリードシークエンシング技術はここ数年で急速に成熟し、ゲノムアセンブリへのロングリードの利点は欠かせないものになった[論文より ref.1]。最近、複数グループがエラーの多いロングリードから完全なバクテリア…

クラスタリングツール Starcode

すべてのシーケンシング技術はある程度の不正確さを持っている。例えば、Illuminaプラットフォーム(Margulies et al、2005)は、 主に置換からなる1〜2%のエラー率を有し(Dohm et al、2008; Nakamura et al、2011)、PacBioプラットフォームは挿入および…

BatAlign

シーケンシングリードのリファレンスゲノムへのアライメントは、通常、ほとんどのゲノム解析の第一歩で歩い。しかし、全リードがリファレンスゲノムを正確に表していないため、シーケンシングリードをゲノム変異をまたいでリファレンスゲノムに戻すことは難…

構造変異に関係するリードを可視化する svviz

2020 1/15 タイトル修正 人間の目にはデータの視覚的表現からパターンを識別する比類のない能力がある。高スループットシークエンシングからの突然変異の同定は大部分が自動化されているが、integrative genomics viewer(IGV; Robinson et al、2011)などの…

gANIを計算するツール ANIcalculator

微生物は数と多様性の両方で生命の樹木を支配しており、その自然分類を困難かつ重要なものにしている。動物では、種は一般に交配可能な生物群と定義されるが(biological species concept)、この定義は無性生物の集合体に直接適用することはできない。結果…

Procaryotesの自動アセンブリパイプライン Mypro

Pos 最近の全ゲノムシーケンシング(WGS)技術のコストの低下は、様々な原核生物のシーケンシングの増加をもたらした。典型的なゲノミクスプロジェクトでは、データマイニングの前にシーケンシングリードを処理する必要がある(Hasman et al、2014; Rhoads e…

MetaBAT

2019 8/28 追記 2019 9/30 metabat2紹介リンク追加 ハイスループットのメタゲノムショットガンシークエンシングは、環境から採取された微生物群集を直接研究するための強力なツールであり、それによって培養から解放され、また培養から生じる可能性のあるバ…

バクテリアのシーケンシングデータ分析ツール GenomePeek

シーケンシングコストが低下するにつれて、バクテリアゲノムの配列が増加している。現在、NCBI(Benson et al、2009; Sayers et al、2009)、SEEDデータベース(Overbeek、Disz&Stevens、2004)には約15,000種類の原核生物ゲノムがあり、約75,000種類のアセ…

Procaryote向けの自動アセンブリパイプライン A5-miseq

ゲノムアセンブリは、rawシーケンシングデータから始まり、スキャホールディングされたコンティグで終わる全データ処理ワークフローからなる。この手順は、アダプタのトリミング、クオリティフィルタリング、エラー訂正、コンティグの作成、アセンブリへのリ…

review article要約 バクテリアのバリアントコール評価のベストプラクティス

Best practices for evaluating single nucleotide variant calling methods for microbial genomicsより https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4493402/ シークエンシング技術の革新により、生物学の研究者はbiologicalなシステムの理解を大幅に進…