2015
ゲノムのリピートのアノテーションは、利用可能なツールが数多くあり、すべてが性能や精度に関して分析されていないという理由から、挑戦的な課題である（Leret、2010）。転移因子（TE）を同定するための現在のアプローチは、ゲノムアセンブリ（Ellinghaus e…
ロングリードシークエンシング技術はここ数年で急速に成熟し、ゲノムアセンブリへのロングリードの利点は欠かせないものになった[論文より ref.1]。最近、複数グループがエラーの多いロングリードから完全なバクテリアゲノムへのデノボアセンブリが可能であ…
すべてのシーケンシング技術はある程度の不正確さを持っている。例えば、Illuminaプラットフォーム（Margulies et al、2005）は、 主に置換からなる1〜2％のエラー率を有し（Dohm et al、2008; Nakamura et al、2011）、PacBioプラットフォームは挿入および…
シーケンシングリードのリファレンスゲノムへのアライメントは、通常、ほとんどのゲノム解析の第一歩で歩い。しかし、全リードがリファレンスゲノムを正確に表していないため、シーケンシングリードをゲノム変異をまたいでリファレンスゲノムに戻すことは難…
人間の目にはデータの視覚的表現からパターンを識別する比類のない能力がある。高スループットシークエンシングからの突然変異の同定は大部分が自動化されているが、integrative genomics viewer（IGV; Robinson et al、2011）などのツールを用いた推定変異…
微生物は数と多様性の両方で生命の樹木を支配しており、その自然分類を困難かつ重要なものにしている。動物では、種は一般に交配可能な生物群と定義されるが（biological species concept）、この定義は無性生物の集合体に直接適用することはできない。結果…
Pos 最近の全ゲノムシーケンシング（WGS）技術のコストの低下は、様々な原核生物のシーケンシングの増加をもたらした。典型的なゲノミクスプロジェクトでは、データマイニングの前にシーケンシングリードを処理する必要がある（Hasman et al、2014; Rhoads e…
ハイスループットのメタゲノムショットガンシークエンシングは、環境から採取された微生物群集を直接研究するための強力なツールであり、それによって培養から解放され、また培養から生じる可能性のあるバイアスを回避する。ショートメタゲノムショットガン…
シーケンシングコストが低下するにつれて、バクテリアゲノムの配列が増加している。現在、NCBI（Benson et al、2009; Sayers et al、2009）、SEEDデータベース（Overbeek、Disz＆Stevens、2004）には約15,000種類の原核生物ゲノムがあり、約75,000種類のアセ…
ゲノムアセンブリは、rawシーケンシングデータから始まり、スキャホールディングされたコンティグで終わる全データ処理ワークフローからなる。この手順は、アダプタのトリミング、クオリティフィルタリング、エラー訂正、コンティグの作成、アセンブリへのリ…
Best practices for evaluating single nucleotide variant calling methods for microbial genomicsより https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4493402/ シークエンシング技術の革新により、生物学の研究者はbiologicalなシステムの理解を大幅に進…
大規模なシーケンスからの迅速な標的遺伝子座特異的なアセンブリは、現在、医学から広範囲の系統学までの応用分野で、生物学科学全体で一般的に使用されている。ターゲットアセンブリ手法は、完全なゲノムのデノボアセンブリと比較してアセンブリの計算規…
ほとんどの環境微生物が難培養性であることを考えると、microbial ecologyの分野では、metagenomicsは全コミュニティの機能を調べる手段に由来していた（論文より Handelsman、2004; Kunin et al、2008; Teeling and Glockner、2012）。研究者は、微生物群全…
8/7 ホストからジョブを投げるようにコマンド修正 8/8 realignコマンド修正 第2世代のDNA配列決定技術の技術的進歩により、全ゲノム配列決定（WGS）データを生成するために必要なコストと時間が削減され、これまでにない深さと範囲でヒトゲノムを調査するこ…
デノボアセンブリの課題は、世界初の自動DNAシーケンサーの登場以来ずっと存在していた。初期ゲノムシーケンスデータのアセンブリは、大きく2つの戦略に基づいていた：BAC / YACタイリングまたは全ゲノムショットガン[論文より ref.1]。これらのストラテジー…
RNA-seqは、2008年に導入されて以来、遺伝子発現、転写体構造、長い非コード化RNAと融合転写物の同定のためのツールとして普及してきた（論文より ref.2-5） RNA-seq解析は、リードを参照ゲノムに対してアライメントさせ、リードの起点となる場所を決定する…
微生物ゲノム研究は通常、実験的限界のために1つの細菌株に焦点を当てる。この種の方法は、少なくとも2つの欠点を有する：（1）微生物の99％以上が未知であり、栽培または単離することができない。 （2）生息地の微生物が互いとその宿主に対して様々な機能的…
ゲノムアノテーションは、ゲノム配列中の異なるセグメントの機能を同定して示すために使用され[ 論文より ref.1 ]、多くの下流ゲノム解析の基礎となっている。 真核生物[ref. 2 ]および原核生物[ref. 3 ]のためのいくつかのアノテーション手法（AM）が開発さ…
ゲノムのde novoアセンブリの一般的な方法は、de Bruijnグラフ（論文より Compeau、Pevzner＆Tesler、2011）の構築に基づく。最も単純なケースでは、グラフはシングルエンドリードから構成されるが、シングルエンドのリードだけでは、de Bruijnグラフをもつ…
ミスアセンブルを検出するツールにはQuest、GAGEなどがあるが、これらのツールはミスアセンブルとリファンレスの違いを区別せず全て報告する。そのため、ミスアセンブルのみを検出するには通常さらなる工夫が必要になる。 一方、CGALやALE、REAPRはDe novoの…
Metassemblerは複数のアセンブルツールのcontigをマージし、他のツールの短所を補い合うことで（例えばOLCのアセンブルツールとde brujin graphのアセンブルツール）、より長いcontigを作るツール。アセンブルコンペティションのAssemblathonの１と２のデー…
RNA-Seqは特定のバイアス、アーティファクトを受けやすく、 堅牢で包括的なクオリティチェックが重要になる。とくにサンプル調製、ライブラリー作成、またはシークエンシングのエラーは、 予期せぬアーティファクト、バイアスを引き起こす。適切に処理できる…
RNAのシーケンスデータをゲノムにアライメントする場合、イントロンを跨いでリードをアライメントする必要があるため、リードをsplitしてアライメントできるアライナーが使われる（真核生物のRNA seq）。イントロンは数十kbもある可能性があるので、split-al…
GenomeTester4はk-merをカウントしたり、操作するためのパッケージ。 固有のk-merを調べたりもできる。 インストール Github https://github.com/bioinfo-ut/GenomeTester4 git clone https://github.com/bioinfo-ut/GenomeTester4.gitcd GenomeTester4/src/…
RedはTE及び単純反復の検出ツール。機械学習を通して訓練された。バクテリアゲノムでのテストでは既存のツールより高速に動作し（バクテリアなら10秒程度）、中程度の偽陽性率であった。よく知られている既存のリピート検出ツールと異なり、ほかのアライメン…
QuorUMはMaSuRCAなどにも組み込まれているエラーコレクションパイプライン。 インストール Github https://github.com/gmarcais/Quorum brewで導入できる( macではエラーになったのでubuntu14.4にlinuxbrewで入れた)。 > quorum --help user$ quorum --help …
Rcorrectorはシーケンスカバレッジが異なるデータに適応可能なエラー補正の方法論。RNAのNGSデータだけでなく、カバレッジが不均一なシングルセルに対しても適応可能となっている（ウィルスも可能？）。もう一つのRNA用エラーコレクションツールSEECERより１…
インストール cent OSに導入した。 Github https://github.com/sheikhizadeh/ACE/ brewで導入できる。 パスが通ったディレクトリに移動しておく。 user$ delly ********************************************************************** Program: Delly This…
100MBのデータならおよそ10秒程度で処理できる（10スレッド使用時）。 インストール Github https://github.com/lh3/bfc git clone https://github.com/lh3/bfc.gitcd bfc/make./bfc -h #動作確認 user$ ./bfc -h Usage: bfc [options] <to-count.fq> [to-correct.fq] Opt</to-count.fq>…
De novo assembly時、シーケンスエラーを間違ってscaffoldsに組み込んでしまうと、dead-endのグラフができたり、false positiveの分岐が生じたり、あるいはキメラのパスができてしまう可能性がある。そのため、アセンブル前にエラーと思われるような低クオリ…
