macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

生物種の推定 (taxonomic profiling)

植物のRNA seqデータからvirus配列を検出する Kodoja

ウイルス感染は、食物と燃料のために栽培される作物で特に重要な問題である。ウイルスは収量と品質の大きな損失を引き起こし、その結果、ウイルスは重要な経済的悪影響を及ぼす[ref.1]。英国では、ポテトウイルスYは年間3,000〜4,000万ポンドのジャガイモの…

普遍的な single-copy proteinsに基づいてバクテリアとアーキアを分類するGenome Taxonomy Database (GTDB) とその分類ツール GTDB-Tk

2019 10/28 誤字修正、コメント追加 2019 11/5 誤字修正、捕捉追加 2019 11/6 追記 Preprintより 過去数年のシーケンスされた微生物ゲノムの急速な拡大により、ゲノム配列に基づいた詳細な分類の構築が可能になった(Segata et al、2013; Hugenholtz et al、…

包括的なメタゲノム解析パイプライン ATLAS

2019 10/26関連ツール追加 2019 10/26 インストール手順修正 2019 10/29 同上 2019 10/29 コメント追加 メタゲノミクスおよびメタトランスクリプトミクス研究は、多様な環境からの微生物集団の組成および機能に関する貴重な洞察を提供するが、培養株の遺伝子…

Metagenomic contigsの分析と可視化のための自動化されたパイプライン MetaErg

2019/10/24 MetaCycの結果追記 ゲノムアノテーションは、文字通り、アセンブリされたDNA分子の特徴の注釈である。そのような特徴は、そもそも、タンパク質をコードする遺伝子[「オープンリーディングフレーム」(ORF)]およびリボソームまたはトランスファー…

メタゲノムのtaxonomic assignmentと定量を行う CCMetagen

環境試料および宿主関連試料(メタゲノミクスおよびメタトランスクリプトミクス)のDNAおよびRNAのハイスループットシークエンシングは、どの生物が試料中に存在するかを評価するための強力なツールである。Taxonomy同定ソフトウェアは通常、個々のショート…

メタゲノムのmappingを行う MetaMaps

メタゲノム配列の分類は、高速で正確かつ情報豊富でなければならない。新しいロングシーケンステクノロジーは、これらの要素間のバランスを改善することを約束するが、ほとんどの既存の方法はショートリード用に設計されている。 MetaMapsは、ロングリリード…

prokaryotic virusのcontigをクラスタリングしTaxonomic assignmentを行う vContact2

2019 9/25 誤字修正 細菌と古細菌は、海洋と土壌の生態系での栄養とエネルギーのサイクルに役割を果たしており、人間の健康にも重要な役割を果たしている。細菌や古細菌に感染するウイルスは、殺害、代謝再プログラミング、または遺伝子導入によってこれらの…

ONTのロングリードから抗生物質耐性遺伝子の分布を調べるwebサーバー NanoARG

薬剤耐性(AMR)は、感染症を予防および治療する能力を損ない、世界的な公衆衛生の脅威になる[ref.1]。現在、抗生物質耐性による世界中の年間死亡者数は、2050年までに1,000万人を超えると推定されている[ref.2]。これに対応して、多くの国内および国際機関…

MG-RAST(簡単な紹介)

分子生物学、とりわけ、微生物群集(メタゲノミクス分野)のハイスループットシーケンシングは、気候変動、環境汚染、人間の健康などに関わる微生物群集の組成と機能的内容の理解を急速に進歩させている。メタゲノミクスは、以前は実験室制御の培養に難しか…

包括的なfunctional annotationを行うwebツール FunctionAnnotator

シーケンス技術の向上により、次世代シーケンス(NGS)がトランスクリプトーム研究にますます頻繁に使用されている。適切なリファレンスゲノムがないため、非モデル生物のトランスクリプトームの分析はモデル生物のトランスクリプトームと非常に異なる。 Tri…

シングルの配列やメタゲノムのbinned.fastaのtaxonomic classificationを行う BASTA

2019 7/13 説明修正 2019 8/1 説明追記 DNAシーケンシング、例えばアンプリコン、メタゲノムおよび全ゲノムシーケンシングは、微生物学および生態学から医学まで、ライフサイエンスの多くの分野において標準的な手順となっている。これらのシークエンシング…

アセンブリ配列の16S rRNA相同性からシーケンシングデータの汚染を素早く見積もる ContEst16S

近年、次世代シークエンシング(NGS)と呼ばれる新しいDNAシークエンシング技術の開発により、ゲノムシークエンシングのコストと時間が劇的に減少した。現在、publicデータベースの原核生物ゲノム配列数は約7万に達している(論文執筆時点)。大規模ゲノムデ…

バクテリアの表現型情報データベース BacDive

原核生物は、研究開発との関連性が高い多種多様な表現型形質を発現する。バクテリアのメタデータのホットスポットとしてよく利用できるのは、最初の(一次)文献で報告された種の説明と、生物資源センター(BRC)によって管理されているデータベースである(…

メタゲノムcontigのビニングとアノテーションwebサーバー BusyBee Web

メタゲノムシーケンシング、すなわち微生物混合群集から無差別に抽出されたDNAの全ゲノムシーケンシングは、分類学的組成および環境マイクロバイオームの機能的可能性を研究するために首尾よく使用されてきた(ref.1-4)。従来の単離培養工程の独立性は、費…

複数のメタゲノムをその場で分析するための軽量で多機能なメタゲノム分析ツール SqueezeMeta(オフライン使用)

シーケンシング技術の改良によりメタゲノムシーケンシングが一般化し、メタゲノムシーケンシングがマイクロバイオームの構造および機能性を分析するための標準的な手順となった。メタゲノム実験によって生成された膨大な数のショートリード配列に対処するた…

メタゲノムのraw fastqから高速なtaxonomy assignmentを行う FOCUS

微生物は他のどの細胞生物よりも豊富であり(Whitman、Coleman&Wiebe、1998年)、どの生物が存在し、それらが何をしているのかを理解することが重要である(Handelsman、2004)。多くの環境では、微生物群集の大多数は培養できず、メタゲノムは未培養のゲノ…

メタゲノムの既知および未知バクテリアの存在量を推定single-copy phylogenetic marker genesに基づいて見積もる mOTUs2

2019 4/26 mergeエラー修正及び追記 2019 7/2 インストール追記 2019 8/6 リンク追加 微生物は、地球上の生命や環境中の地球化学的プロセスに影響を与える、相互作用する種の複雑な共同体に住んでいる。したがって、それらが形成するコミュニティの構成を正…

メタゲノムのコンタミ除去やメタゲノムのサンプル間比較を行って結果を視覚化する Recentrifuge

2019 4/21 タイトル追加 2019 4/21 オーサーのJose Manuel Martíさんのコメント追加 2019 4/23 タイトル修正 2019 4/26 誤字修正 2019 dockerリンク追記 219 5/9 パラメータ追記 メタゲノミクスによる微生物群集の研究は、環境、臨床、食品、法医学の研究な…

病原性細菌の同定とタイピングを行うwebツール PathoBacTyper

生物のゲノムDNAは生物学的にfunctionalな遺伝情報を持っている。生物の全ゲノム配列を解読することは、複雑な生物学研究における基本的なタスクである。以前は、完全なバクテリアゲノム配列を解読するために従来のサンガーシーケンシングが使用されていた。…

サンプルのコンタミネーションを見積もる Mash Screen

2019 11/5 論文追加 シーケンシング技術がスループットを高めそしてコストを下げ続けるにつれて、シーケンシングされたゲノムのデータベース(例えばNCBI RefSeq [ref.1])は指数関数的成長を続け、それらに対する検索をさらに複雑にしている[ref.2、3]。さ…

メタゲノムのアセンブリcontig.fastaに精度の高い系統情報をアサインするCATと、binned.fastaに精度の高い系統情報をアサインするBAT

2019 2/15 タイトル修正 2019 2/26 コマンドの誤り修正 2019 7/7 インストール説明修正 2019 10/25 論文引用追記 2019 10/29 wgetしてくるデータベースのリンク更新 メタゲノミクスは、自然環境における微生物群集からのDNAのダイレクトシーケンシングであり…

メタゲノムデータからrRNAをターゲットアセンブリし、系統アサイン、定量、比較する phyloFlash

2019 5/9 インストール追記 ショットガンメタゲノミクスは、微生物群集の機能を調査し、それらの系統または分類学的な構成を決定するための強力なツールである(Preprintより ref.1、2)。プライマーバイアス(ref.3)やキメラ配列(ref.4、5)など、PCRベー…

バクテリアとアーキアのデータベース EzBioCloud

2019 7/5 関連ツール追記について追記 現代のバクテリアと古細菌の分類学の目標の1つは種の客観的定義である。分類を決定するプロセスは、新しいテクノロジーの出現により、時とともに継続的に改善されてきた。 PCRとそれに続く16S rRNA遺伝子のシークエンシ…

Krona

2019 4/26 わかりにくい文章を修正 メタゲノム研究の重要な成果は、分類群または機能群の存在量の推定である。これらのグループへのアサインおける固有の不確実性は、それらの階層的コンテキストとそれらの予測信頼度の両方を考慮することを重要にしている。…

KrakenUniq

2019 1/17 エラー修正 メタゲノミクス分類手法は、データセット内の各リードに taxonomic identityをアサインすることを試みる。メタゲノミクスデータにはしばしば何千万ものリードが含まれているため、分類は、通常、長さk(k-mers)の短いワードの正確な一…

メタゲノムのアセンブル配列からウィルス由来配列を見つける VirSorter

細菌と古細菌に感染するウイルスはこれまでにサンプリングされたあらゆるタイプのバイオームにありふれており、豊富に存在する。ウイルス - 宿主相互作用は地球化学的循環からヒトの健康まで生態系機能を変化させる(Fuhrman, 1999; Wommack & Colwell, 2000…

k-merベースのスケーラブルなメタゲノムの全配列比較ツール Libra

ショットガンメタゲノミクスは、微生物群集の生物多様性と機能に対する強力な洞察を提供する。しかしながら、メタゲノム研究からの推論は、データセットのサイズと複雑さや既存のデータベースの可用性と完全性によって制限される。 de novo比較メタゲノミク…

ゲノムスキミングサンプルから種を同定する Skmer

環境サンプルの分類学的多様性を迅速かつ安価に研究する能力は、急速な気候変動と生物多様性の変化が起きているこの時代において非常に重要である。現在選択されている分子技術は、(meta)Barcoding[論文より ref.1- 3]である。伝統的な(meta)Barcodingは…

メタゲノムデータのtaxonomy assignmentを行う k-SLAM

微生物群集から直接抽出されたDNAの研究は、全ゲノムショットガンシーケンシングによって革命を起こした。バクテリア、ウイルス、真菌の種から数十億の短いDNA配列をサンプリングする能力は、多様な生態系の分類学的構成ならびにその中で起こっている過程を…

NGSデータまたはアセンブリからバクテリアやアーキアのtaxanomic assignmentを行い、ゲノムのnoveltyなどを評価する MIGA

Small subunit ribosomal RNA gene (16S)は、30年以上にわたり、原核生物種およびそのコミュニティの多様性をカタログ化および研究するために首尾よく使用されてきた。しかしながら、16S(論文より ref.1)によって効率的に評価することができない種および…