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著者らは、シロイヌナズナや他のモデル生物から得られた遺伝子機能に関する知識を、他の植物種に正確かつ効率的に伝達できるようにすることを目指している。このような知識移転は、植物の系統における個々の遺伝子やゲノム全体の重複のために、植物において…
2022/06/25 タイトル変更 微生物群集の遺伝的可能性に着目したマイクロバイオーム研究（メタゲノム研究）は、微生物生態学の分野では標準的なものとなった。MG-RASTとSequence Read Archive (SRA)という2つの主要なメタゲノムリポジトリには、202,858以上の…
BMC Bioinformatics. 2010 Apr 29;11:213 COBRA（Constraint Based Reconstruction and Analysis）フレームワークに基づくゲノムスケールの代謝再構成は、生物の代謝能力を解析し、実験データを解釈するための貴重なツールである。このような再構成や解析手…
代表的なモデル生物6種（ヒト、マウス、ラット、ミミズバエ、線虫、出芽酵母）から得られた公開されているクロマチン免疫沈降シークエンス（ChIP-seq）とDNase-seqデータ（n>70,000）を完全に統合し、ChIP-Atlas（http://chip-atlas.org）と名付けられたデー…
2022/1/5 追記 全ゲノムシークエンシング（WES）や全ゲノムシークエンシング（WGS）は、研究や臨床の場でヒトの疾患研究にますます利用されるようになってきている。その結果、健康な人からメンデル病や複雑な疾患を持つ人まで、DNA配列データの津波を目の当…
膜輸送体は、細胞の分子組成やエネルギー状態を決定するチャネル、キャリア、ポンプ、group translocators、電子輸送体などの複雑なネットワークを形成する多様なタンパク質のグループを構成している(ref.1)。これらのタンパク質は、細胞内の全タンパク質の…
ハイスループット技術の開発により、ほとんどの真核生物のRNAにnon-canonicalなショートオープンリーディングフレーム（sORF）が存在することが明らかになった。これらは、種を超えて高度に保存されたユビキタスな遺伝的要素であり、多くの細胞プロセスに関…
Genome Variation Map (GVM; http://bigd.big.ac.cn/gvm/) は、ゲノム変異の公開データリポジトリである。幅広い種のゲノム変異を収集・統合することを目的としており、世界中から様々な変異タイプの投稿を受け付けており、世界中の研究活動を支援するために…
次世代シークエンシング時代では、増え続ける生物学的配列やそのバリエーションを正確にアノテーションするための信頼性の高い、高速かつ効率的なアプローチが求められている。類似性検索に基づくアノテーションのtransferは、標準的なアプローチである。全…
ヒトの遺伝子アノテーションが不完全なままであることを示唆する証拠が増えてきているが、それが異なる組織にどのように影響し、異なる疾患の理解にどのような影響を与えるかは不明である。ここでは、41のヒト組織のGenotype-issue Expression RNAシーケンス…
2020 10/4 コマンドの間違い修正 2020 10/5 アップデートのコマンド修正 2023/01/05, 01/12追記 アップデートのコマンド追記 ゲノム配列に対する発現配列データのスプライスアラインメントは、真核生物ゲノムにおける遺伝子の包括的なアノテーションにおいて…
2022/03/28 URL 更新, POCP matrix追記 Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteriaより 次世代シークエンシングアプローチの展開により、完全にシークエンシングされたゲノムの数は急速に増加している。その結果、単一ゲノムだけでなく、関連…
次世代シークエンシング技術の出現により、ここ10年で、ヒトのマイクロバイオームから環境（水や土壌）、都市の表面に至るまで、メタゲノムやマイクロバイオーム研究が急増している。これらの研究はすべて、発見された配列をサンプルに見られる分類学的プロ…
2020 7/23 説明追加 EukProtは、公開されている予測タンパク質セットと、真核生物の多様性を表すために選択された非注釈ゲノムのデータベースで、すべての主要なスーパーグループからの742種とorphan taxaを含む。系統図、遺伝子ファミリー進化、その他の遺…
2020 6/19 説明追加 相同配列の解析では、マルチプルシーケンスアラインメント（MSA）の計算がボトルネックになっている。特にリボソームRNA（rRNA）のようなマーカー遺伝子の場合、数百万の配列がすでに公開されており、個々の研究で数十万の新しい配列を簡…
2020 5/29 構成を修正、タイトル変更 2020 6/1 コマンド修正 2021 10/5 ツイート追記 マイクロバイオーム研究の重要性はますます一般的になっており、さまざまな生態系（例：海洋、構築、宿主関連など）を理解するために不可欠である。研究者は、微生物ゲノ…
パスウェイは生物系の解析や表現に広く利用されているが、明確な境界線がなく、多数のデータベースに分散しており、相互運用性がないため、それらの間の網羅性、一致性、不一致を評価することができない。本研究では、データベース間のパスウェイマッピング…
次世代シークエンシング（NGS）技術は、ゲノムおよびエピゲノムプロファイルを生成するための強力な方法を提供することで、生物医学研究に革命をもたらしている。この急速な進歩により、学生や研究者にとって、利用可能な数多くの方法を熟知しておくことが喫…
トキシン・アンチトキシン（TA）系は、最初はプラスミド中毒（addiction）モジュールとして同定されたが、ほとんどの自由に生きている細菌の染色体上に非常に豊富に存在する。TA系は、栄養飢餓(ref.1,2)、プログラムされた細胞死(ref.3)、バクテリオファージ…
2020 3/37 タイトル修正 Antimicrobial resistance（AMR）は、公衆衛生に対する脅威の増加である。 AMRを決定する現在の方法は、非効率的な表現型アプローチに依存しており、多くの病原体と抗菌薬の組み合わせのAMRメカニズムの理解が不完全なままとなってい…
2020 6/15 追記 種の起源について不可知なシーケンスデバイスによって作成されたシーケンシングデータから標的ゲノムを再構築する場合、汚染された DNA によって混同される可能性がある。サンプル処理中に混入した場合でも、標的DNAとの共抽出によって混入し…
2020 3/8 コメント削除、タイトル修正 公共データベースで利用可能な微生物ゲノムの数は増え続けており、多くのin-silico分析、例えば 一塩基多型の検出、scaffolding、比較ゲノミクス、に必要なリファレンスゲノムの最適な選択がますます困難になってきてい…
鉄は地球上のほぼすべての生命にとっての微量栄養素である。鉄は、鉄酸化および鉄還元微生物による電子供与体および電子受容体として使用でき、光合成および呼吸を含むさまざまな生物学的プロセスで使用される。鉄は地球の地殻で4番目に豊富な金属だが、鉄は…
2020 2/11 誤字修正 2022 2/3 追記 パスウェイマップは、分子生物学のロードマップである。ロードマップが村、町、都市間のつながりを示すように、パスウェイマップは遺伝子、タンパク質、代謝産物間のつながりを示す。よく描かれたパスウェイマップは、複雑…
現代のDNAシーケンシング技術は、単離した生物のみならず、生物のコレクション(メタゲノミクス)のDNA配列を決定する能力に革命をもたらした。一握りの特徴づけられた配列から新規ゲノムにコードされた遺伝子への自動アノテーションは、特に原核生物ゲノムで…
植物、微生物、菌類は、多くの場合、1つまたはいくつかの種にユニークな多種多様な特殊な代謝物を生成する。文明の夜明けから、人間は薬用、経済的、またはレクリエーション目的でこの宝の山を利用している。過去10年以内に、ゲノムに基づいた特殊な代謝産物…
2019 11/8 pATLASflow紹介リンク追加 プラスミドは、mobile genetic elements（MGE）として分類されるchromosome外遺伝因子であり、細菌間で自己複製および転移する能力があるため、遺伝子の水平伝播において極めて重要な役割を果たしている（ref.1〜3）。プ…
2019 11/6 タイトル修正、説明追加 重要な生物学的および進化的洞察は、種の系統発生にわたる遺伝子および機能的アノテーションの有無を調査することにより生成できる。これらには、予期しない taxonomic occurrences の特定（ref.1）、遺伝子の進化的起源の…
2019 10/28 誤字修正、コメント追加、11/5 誤字修正、捕捉追加、11/6 追記 2020 2/21 インストールコマンド修正、3/4 ツイート追加、4/21 インストールの説明を修正、8/23 補足 、9/9 KBase補足、論文リンク追加、12/28 データベースダウンロードリンク更新 …
2022/06/25追記 eggNOG 5.0のペーパーより 分化イベント後に共通の祖先から分岐したオルソログを同定することは、分子生物学および進化生物学における基本的な課題である。 duplication eventの後に分岐した配列であるパラログと比較して、オルソログは長い…
