Nanopore long read
間違って２回Noise Cancelling Repeat Finderのインストールについて投稿してしまいました。申し訳ありません。 タンデムDNAリピートはロングリード技術でシーケンスできるが、これらの技術の高いエラー率を考慮した計算ツールがないため、正確に解読できな…
2021 7/26 link追加、タイトル変更 ロングリードシーケンシング技術は長い連続性を持つゲノムを生成できるが、エラー率が高くなる。 そこで、長いリードでアセンブリされたゲノムの配列エラーを効率的に修正するツールであるNextPolishを開発した。 この新し…
2020 2/7 パラメータエラー修正、2/8 わかりにくい表現を修正、3/12 わかりにくい説明を修正 2021 1/5 論文引用、9/8 関連研究のリンク追記 2023/04/12 コマンド微修正(.pl削除) ナノポアのロングリードはde novoゲノムアセンブリで有利だが、ゲノム研究への…
2020 2/1 タイトル追加、文章追加、誤字修正 2020 2/2 誤字修正 2020 3/9 コマンド修正 ナノポアシーケンスは、主要な第3世代シーケンステクノロジーの1つである。 Nanoporeデータの処理と分析を容易にするために、多くの計算ツールが開発された。以前、Deep…
Tomboは、主にナノポアシーケンスデータから修飾されたヌクレオチドを同定するためのツールスイートである。 Tomboは、生のナノポア信号の分析と可視化のためのツールも提供する。Tomboのre-squiggleアルゴリズムは、Tomboフレームワークの基礎である。 Re-s…
2020/07/23 モニターコマンド追記 2021/01/8 helpのバージョン更新 2021/08/22 更新 2022/1/7 v6に更新（helpはv4） 2022/02/16 helpをv6に更新 タイトルの通り、GuppyのGPU版を使うまでの流れをまとめておきます。 ubuntuへのインストール １、Nvidia GPU d…
2020 7/1 インストール方法追記, コマンド追記 2020 7/2 タイトル修正 2020 7/27 merge追記 2022/06/09 論文引用 2022/12/10, 12/28追記 2023/01/21 レポジトリURL修正 RNAシーケンス（RNAシーケンス）データセット内の転写産物の量を測定することは、細胞の…
タンデムリピートは、不均等なクロスオーバーによってしばしば生成される複数の連続するほぼ同一のシーケンスによって形成される（Smith、1976）。初期のDNAシーケンスプロジェクトから、タンデムリピートが真核生物ゲノムに豊富にあることが明らかになった…
Miniasmはパワフルで高速なロングリードのアセンブリツールだが、polishステップを持たないため、実質、得られた配列は連結されたロングリードである。polishにはraconが使用できるが、raconはFASTAファイルで動作し、Miniasmが出力するGFAをファイルを入力…
構造変異は、多くのヒト疾患の発症に関与しており、ヒト集団の遺伝的変異の大部分を占めている（ref.3,4）。 50 b5を超えるゲノム変化として定義される構造変異（SV）は、遺伝子調節異常または新規遺伝子融合を引き起こす可能性のある遺伝子病変を形成するこ…
バイオインフォマティクスで最も古く、おそらくおそらく最も重要なツールは、1つまたは複数の配列のアラインメントである。アラインメントは、ある配列が別の配列とどのように類似しているかを示し、類似の配列パターンの豊富さを定量するために使用できる。…
ロングタンデムリピート（LTR）アレイはヘテロクロマチンと関連しており、ヒトゲノムで重要な役割を果たしている。たとえば、（TTAGGG）n TRはテロメアを保護し（Blackburn and Gall、1978）、（AATGG）nリピートはヒートショックレスポンスに関与し（Goenka…
メタゲノム配列の分類は、高速で正確かつ情報豊富でなければならない。新しいロングシーケンステクノロジーは、これらの要素間のバランスを改善することを約束するが、ほとんどの既存の方法はショートリード用に設計されている。 MetaMapsは、ロングリリード…
薬剤耐性（AMR）は、感染症を予防および治療する能力を損ない、世界的な公衆衛生の脅威になる[ref.1]。現在、抗生物質耐性による世界中の年間死亡者数は、2050年までに1,000万人を超えると推定されている[ref.2]。これに対応して、多くの国内および国際機関…
オックスフォードナノポアテクノロジー（ONT）[ref.1]やパシフィックバイオサイエンス（PacBio）[ref.2]などの企業が達成したシーケンシングテクノロジーの進歩により、長さが10 kbpを超えるロングリードが生成される。当初、このようなロングリードのエラー…
私（論文のオーサー；hereafter、私）の最近の研究では、低品質の細菌ゲノム配列（ここでは「多くのコンティグを含むゲノム配列アセンブリ、最終的には明らかなミスアセンブリと未解決のプラスミド配列」と定義）を扱ってきた。主要な問題は、ゲノムのクオリ…
2019 8/31 docker imageのhelpコマンドのエラー修正 2021 6/15 データベースのダウンロード追記 腸内微生物叢は、ホストの健康に寄与する多様な代謝特性を付与する数百種の豊かなコミュニティを持っている（ref.1）。また、抗生物質耐性遺伝子の貯蔵庫として…
2020 3/14 動画追加 2020 9/30 論文引用追加 2022/02/04 v0.9 2022/06/08 アップデートに伴いコマンド修正, help更新 ロングリードシーケンシング技術からヒトゲノムアセンブリを作成する現在のワークフローは、大きなコホートへの効率的な拡大を妨げるコス…
第三世代のシークエンシング技術は900Kもの塩基対（bp）を含むロングリードをシークエンシングすることができる。これらの長いリードは、アセンブリ（すなわち対象のゲノム）を構築するために使用される。残念なことに、第3世代のシーケンシング技術は高いシ…
優先順位の高いジョブがたまっているため、お盆明けくらいまで不定期更新にします。よろしくお願いいたします。 Rebalerはロングリード使用してリファレンスベースのアセンブリを実行するためのプログラムである。細菌ゲノム用に作られている。 Method （Git…
Pacific Biosciences [ref.1]やOxford Nanopore [ref.2]のような企業のシーケンシング技術がゲノムアセンブリ[ref.1]、[ref.10]、抗菌剤耐性遺伝子[ref.18]、個人用トランスクリプトームシーケンシング[ref.19]、およびドラフトゲノム[ref.20]の改善に寄与し…
2020 4/23 論文追記 以前、ロングリードのアセンブリ前処理ツール yacrdを紹介した。 今回はアセンブリ過程でフィルタリングして出力を調節するfpaを紹介する。 以下のフィルタリングが行える (Githubより)。 internal match containment dovetails self mat…
プラスミドはバクテリアで一般的なextra-chromosomalのDNA分子である。プラスミドは、それらの長さ（それらはchromosomeよりはるかに短い傾向がある）、コピー数（プラスミドは細胞内に複数のコピーで存在する場合がある）およびGC含有量などの様々な特徴に…
2019 コマンドの誤り修正 2020 3/30 バージョンによるコマンドの違いを記載 2020 3/31 version0.6.0のコマンドを一番下に追記 2020 4/23 論文追記 第三世代DNAシーケンシング法（PacBio、オックスフォードナノポア）は、リファレンスゲノムの構築（デノボア…
2020 11/19 condaインストール追記 シーケンシング技術の改良によりメタゲノムシーケンシングが一般化し、メタゲノムシーケンシングがマイクロバイオームの構造および機能性を分析するための標準的な手順となった。メタゲノム実験によって生成された膨大な数…
2020 5/23 タイトル補足、ravenインストール追記 2020 8/11 引用にpreprint追記 2021 5/24 論文引用 2022/06/08 help更新 Ra（現在はRaven）は、第3世代シーケンシングによって生成されたrawシーケンシングリードの高速で使いやすいアセンブラである。 以下…
2019 6/13 tweetリンク追加、誤字修正 MarginPolishはグラフベースのアセンブリのpolisher。入力としてFASTAアセンブリとインデックス付きBAM（ONTのアセンブリ配列へのアラインメント）を受け取り、polishingしたFASTAアセンブリを生成する。 MarginPolish…
2019 6/10 誤字修正 2019 6/21 リンク追加 2021 6/3 論文引用 2セットの配列間のアラインメントを見つけることは、バイオインフォマティクスにおける基本的な作業である。ロングリードの解析、アセンブリ結果の評価、またはターゲットキャプチャープロトコル…
Multiplexing（バーコード）は、ハイスループットDNAシーケンス能力を複数のサンプルに分散させるために使用される一般的な方法である[ref.1]。各入力DNA試料について、独自のバーコードがシーケンシング用に調製されたDNA分子のライブラリーに組み込まれる…
2020 5/3 docker imagesアップ 新世代のシークエンシング技術がトランスクリプトームの探索において実質的な進歩をもたらすにつれて、スプライス検出および転写物再構成などの関連するバイオインフォマティクス方法が数多く開発され、様々な種で広く使用され…
