macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018-10-01から1ヶ月間の記事一覧

Viral populations分析パイプライン Vipie

臨床試料中の全ウイルス量を研究し、急性および慢性感染時のウイルスquasispeciesの進化を評価する要求が高まっているため、Viromeメタゲノミクス研究分野は急速に増加している。Virome sequencing 技術の応用は、感染症研究だけでなく、主として非感染性条…

複数ゲノムへマッピングして、コンタミの可能性を探ったりフィルタリングを行う FastQ Screen

DNAシーケンシング解析では、通常、リードはただ1つのリファレンスゲノムにマッピングされる。 しかしながら、起源となるゲノムの確認を必要とする場合、複数のゲノムに対するマッピングが必要である。 複数のゲノムに対するマッピングは、汚染を検出するた…

in silico mate-pairシーケンシングによってde novo アセンブリ改善を試みる cross-species-scaffolding

10/5 3stepコマンドの誤り修正 及びコマンド変更、コメント追加 正確で完全でアノテーションのついたゲノムは、種や個体の過去、現在、未来に関する豊富な情報を提供するため、医療や生物学の研究にとって非常に貴重なリソースとなっている[論文より ref.1]…

BatAlign

シーケンシングリードのリファレンスゲノムへのアライメントは、通常、ほとんどのゲノム解析の第一歩で歩い。しかし、全リードがリファレンスゲノムを正確に表していないため、シーケンシングリードをゲノム変異をまたいでリファレンスゲノムに戻すことは難…

cGOF-assisted アセンブリパイプライン GAAP

次世代シークエンシング(NGS)技術は、近年では数万の原核生物ゲノム配列を生成し、原核生物のゲノム研究を大いに促進している。cost-effectiveで、カバレッジが高いので高品質の信頼できるデータが生成できる。しかしながら、原核生物の完全なゲノム配列の…

バイオインフォマティクスのツールを再現性よく実行するためのコンテナ仮想化ツール群 BioContainers

2018 10/2 誤字修正 2018 11/4 追記 2019 6/2 リンク追加 2020 4/7 補足説明追加 2020 11/4 ツイート追加 2021 6/13 コマンド追加 バイオインフォマティクスは、新しいアルゴリズムの開発、複雑なパイプラインへの様々なツールの接続(Perez-Riverol et al、…

複数のビニング手法を柔軟に組みわせてメタゲノムアセンブリから非冗長なビン配列を出力する DAS_Tool

2019 10/26 インストール追記 2021 4/29 変換コマンド追記、5/25、7/2 コマンド追記 2022/10/23 Fasta_to_Scaffolds2Bin.sh追記 2024/05/0 コマンド更新 Genome-resolved metagenomics は、環境ショットガンDNAシーケンシングデータからのゲノムの再構築をタ…