臨床試料中の全ウイルス量を研究し、急性および慢性感染時のウイルスquasispeciesの進化を評価する要求が高まっているため、Viromeメタゲノミクス研究分野は急速に増加している。Virome sequencing 技術の応用は、感染症研究だけでなく、主として非感染性条…

DNAシーケンシング解析では、通常、リードはただ1つのリファレンスゲノムにマッピングされる。 しかしながら、起源となるゲノムの確認を必要とする場合、複数のゲノムに対するマッピングが必要である。 複数のゲノムに対するマッピングは、汚染を検出するた…

10/5 3stepコマンドの誤り修正 及びコマンド変更、コメント追加 正確で完全でアノテーションのついたゲノムは、種や個体の過去、現在、未来に関する豊富な情報を提供するため、医療や生物学の研究にとって非常に貴重なリソースとなっている[論文より ref.1]…

シーケンシングリードのリファレンスゲノムへのアライメントは、通常、ほとんどのゲノム解析の第一歩で歩い。しかし、全リードがリファレンスゲノムを正確に表していないため、シーケンシングリードをゲノム変異をまたいでリファレンスゲノムに戻すことは難…

次世代シークエンシング（NGS）技術は、近年では数万の原核生物ゲノム配列を生成し、原核生物のゲノム研究を大いに促進している。cost-effectiveで、カバレッジが高いので高品質の信頼できるデータが生成できる。しかしながら、原核生物の完全なゲノム配列の…

2018 10/2 誤字修正 2018 11/4 追記 2019 6/2 リンク追加 2020 4/7 補足説明追加 2020 11/4 ツイート追加 2021 6/13 コマンド追加 バイオインフォマティクスは、新しいアルゴリズムの開発、複雑なパイプラインへの様々なツールの接続（Perez-Riverol et al、…

2019 10/26 インストール追記 2021 4/29 変換コマンド追記 2021 5/25、7/2 コマンド追記 2022/10/23 Fasta_to_Scaffolds2Bin.sh追記 Genome-resolved metagenomics は、環境ショットガンDNAシーケンシングデータからのゲノムの再構築をターゲットとする。ゲ…