docker環境にツールを導入していくためのベースイメージを作る。

Dockerイメージ作成時のベースイメージを作って、それをpullするようにすると捗ります。試してみます。

ここではcondaコマンドを使えるようにminiocndaを導入するイメージを作成します。それからこのイメージをベースに新しいイメージを作成します。

１：ベースイメージの作成

base imageのDockerfileを書きます。Minicondaの3.9インストーラー（python3.9）をダウンロードしています。１つ目のRUN命令ではapt-getコマンドで依存んライブラリやコマンドを導入しています。サイズを減らすため--no-install-recommendsもつけていましたが、不安定になったので消しています。２つ目のRUN命令で自分がよく使うmambaコマンドも使えるようにしていますが、不要なら２つ目のRUN命令は消して下さい。

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FROM ubuntu:latest

MAINTAINER Kazuma Uesaka
LABEL description="miniconda3 Base image"
#################################################

ENV PATH ~/miniconda3/bin:$PATH
ENV DEBIAN_FRONTEND=noninteractive

RUN apt update -y && apt install -y \
 build-essential \
 bzip2 \
 wget \
 cmake \
 git \
 gcc \
 make && apt clean

RUN wget --quiet https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh -O ~/Miniconda.sh && \
 /bin/bash ~/Miniconda.sh -b -p ~/miniconda3 && \
 rm ~/Miniconda.sh && \
 echo ". ~/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bashrc && \
 echo "conda activate base" >> ~/.bashrc

RUN ~/miniconda3/bin/conda install -c conda-forge mamba -yq && ~/miniconda3/bin/mamba clean -a -y

Shell ["/bin/bash", "-c"]
WORKDIR /home
#################################################

Dockerfileという名前で空のディレクトリ（*1）に保存します。

準備できたら、"kazumax/miniconda"でビルドします。TAGは1.0とします（*2）。

docker build -t kazumax/miniconda:1.0 .

ビルドが終わるまで５分ほどかかりました。

image名とサイズを確認します。

> docker images

$ docker images

REPOSITORY TAG IMAGE ID CREATED SIZE

kazumax/miniconda 1.0 0041b05dbf0e 43 seconds ago 841MB

TAGは1.0、ubuntuをベースイメージに色々導入しているため、サイズは841MBもありました。軽量化するならarpile.linuxなど使うのも手ですが（Dockerfile例）、後々苦労したくないので、ここではubuntuにしました。

(option) ：イメージを公開する

ローカルマシン専用のベースイメージなら不要ですが、他のマシンから利用したり、他のユーザーに利用してもらうには、作成したimageをdockerhubにpushして公開する必要があります。

#自分のアカウントにログインする
docker login

#imageをアップロードする
docker push kazumax/miniconda:1.0

#他の環境でpullする。
docker pull kazumax/miniconda:1.0

２：作成したイメージをベースに、新しいイメージを作る

ベースイメージができたので、これをベースにして他のツールを導入するDockerfileを書きます。ここではmambaを使ってsamtoolsを入れるDockerfileを書いています。RUN命令１つだけのシンプルなものです。

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FROM kazumax/miniconda:1.0
MAINTAINER xxx

LABEL description="test image"
#################################################

RUN mamba install -c bioconda -qy samtools && mamba clean -ay

#################################################

Dockerfileとしてカレントに保存します。

ビルドします。