Contiguityは、de novoゲノムアセンブリの視覚化と操作のためのインタラクティブなソフトウェアである。 Contiguityは、コンティグの隣接関係に関する情報を作成して表示し、アセンブルされたコンティグとリファレンス配列との比較を同時に表示することで、コンティグの隣接関係をリファレンスコンテキストに沿って表示する。 コンティグ間の曖昧な接続を1つのスキャホールドに解決するためのスキャホールドがある場合、Contiguityでは、ゲノムの曖昧な領域にあるすべてのスキャホールドを作成することができる。 これにより、アセンブリから新規な配列や構造変化を解決することが可能になる。 さらにContiguityは、コンティグ隣接グラフを作成するために、配列やアセンブリに依存しないアプローチを提供する。 コンティグ隣接関係の数を最大化するために、コンティグは、リードペアマッピング、配列オーバーラップ、De Bruijnグラフ探索から得られる情報を組み合わせている。 この手法を用いて、いかに高感度なグラフを実現できるかを実証する。 コンティグの隣接関係グラフは、ゲノム上の解決不可能な領域におけるコンティグの配置の可能性を視覚化することができる。 隣接関係情報を比較ゲノムと組み合わせることで、コンティグは、アセンブリの探索と改善のための直感的なアプローチを提供する。 また、ロングリード配列によるアセンブリのマニュアルクローズをガイドするのにも役立つ。 Contiguityは、PythonとTkinter GUIパッケージを使用して実装されたオープンソースのアプリケーションで、Unix、OSX、Windowsオペレーティングシステム上で動作する。 バクテリアアセンブリ用に設計されて最適化されている。 Contiguity は http://mjsull.github.io/Contiguityで利用できる。
HP - manual, exampleデータ、そして各プラットフォーム向けのプログラム本体をダウンロードできる。
Contiguity overview
インストール
本体 Github
Contiguity_1.0.4_OSX/の中にあるContiguityを叩いて実行する。
起動した。
ウィンドウが見えないときは少し大きくして下さい。
HPからダウンロードできるexample data1を読み込んでみる。用意されているのはリファレンスのFASTAとアセンブリグラフのCAGファイル（アセンブリして各コンティグのつながりを表現した有向グラフフォーマットの１つ）。
File => Load assemblyでCAGファイルを読み込む。
次にFile => Load assemblyでリファレンスと比較する。
出てくるウィンドウで、リファレンスにecoli_um146.fastaを指定してOKをクリック。
BLAST比較するか聞いてくるのでYesを選択。（*1）
左下にログが出る。しばらく待つと計算が終わる。
計算が終わったら、View => view assemblyを選択。
出てくるウィンドウで、何も指定せずそのままOKをクリック。
表示された。
詳細は使用時に追記します。
引用
Contiguity: Contig adjacency graph construction and visualisation
Mitchell J. Sullivana, Nouri L. Ben Zakoura, Brian M. Fordea, Mitchell Stanton-Cooka, Scott A. Beatsona
Preprint from PeerJ Preprints, 04 May 2015
*1
blastがパスに通っている必要がある。condaを使って導入しているなら、Bandageなどと同様、binなどにシンボリックリンクを貼らないといけないかもしれません（確認してません）。
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