macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

UGENE その2

今回は、1回目で説明できなかった機能について説明する。

 

一旦入力した配列は直接編集できないようになっている。編集するには左端のeditボタンをクリックする。

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選択した配列を消したり、追加できるようになっている。

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編集が終わったらもう一度editボタンをクリックしてロックする。

 

複数ライン表示が見にくければ、1行表示に切り替える。

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ORFを表示。

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さらにTranslatee selectionにチェックを付け、

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配列を囲むと、その領域のアミノ酸配列が素早く確認できる。

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Show all frame

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Find pattern - Smith–Watermanで相同な領域をサーチ。

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配列を入力して検索する。

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パラメータ、アラインメント感度、ヒット後のアノテーションのカテゴリなどを選択する。


ヒットした領域がアノテーション付けられ、ハイライト表示される。複数ヒットした場合、下のウィンドウのフィーチャ一覧を展開して確認できる。

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build dotplot - 2配列間の相同な領域の視覚化

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比較する配列を指定する。multi-fastaを読み込んでいるなら改めてロードせずとも各々の配列を選択可能。

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視覚化された。dot plotの図を囲むとその領域の配列が選択される。

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そのままcommand + Cすることで選択した領域の配列をコピーできる。

 

Query NCBI BLAST database - ネット越しのblast検索

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データベースとパラメータを指定する。

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primer3 - プライマーデザイン

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パラメータを指定する。

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条件を満たすプライマーが自動作成される。

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近いうちにNGSのデータを扱う流れについてもまとめます。

引用

Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit
Okonechnikov K, Golosova O, Fursov M; UGENE team
Bioinformatics, Volume 28, Issue 8, 15 April 2012, Pages 1166–1167