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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

タンパク質相互作用を調べる BioGRID

 

 大量の個々のタンパク質または遺伝的相互作用、およびRNA、DNA、膜、炭水化物、低分子代謝産物の相互作用から集約された生物学的相互作用ネットワークは、遺伝子と表現型の関係およびすべての細胞の機構的基盤を理解するためのフレームワークとして機能する。遺伝子、それらの産物、生体分子間の分子的および機能的相互作用の特徴づけは、無数の異なる状況におけるガンやその他の疾患に関連する遺伝的関連の解釈に役立つ(ref.3–6)。これらの取り組みは、遺伝子と表現型の関係、タンパク質の相互作用、遺伝的相互作用、化学的相互作用を検出するための不偏ハイスループット(HTP)メソッドの開発によって飛躍的に加速された。そのような方法は、カバレッジと解像度を高めるために徐々に改良されており、新しい手法は、以前はそのような大規模で利用できなかった他のタイプの生物学的データを生成している(ref.7)。特に、CRISPR / Cas9ゲノム編集技術に基づいた最近のゲノムワイドな遺伝的スクリーニングにより、さまざまな組織タイプに由来する細胞株とin vivoマウスモデルの両方で、遺伝子と表現型の関係を迅速に特徴付けることができる(ref.8,9)。 CRISPR / Cas9アプローチも、ヒト細胞における遺伝子間相互作用の体系的な調査を可能にするために考案された(ref.10,11)。遺伝子機能のこれらの包括的なマップは、生物医学研究と創薬をさらに加速することを約束する(ref.12,13)。

 生物学的ネットワークのパラダイムは、薬物ターゲットの選択を容易にし、薬物耐性またはオフターゲット効果を解釈し、標的療法および個別化医療の基礎を形成するために使用されてきた(ref.14,15)。ただし、進行中の課題は、生物医学文献の構造化されていない性質、つまり、自由形式のテキストであり、タンパク質や遺伝的相互作用などの計算上扱いやすいデータ要素については簡単に解析できない。したがって、生物医学データのキュレーションの主な目標は、生物医学文献のテキスト、図、および表ベースの実験情報を、簡単に解析、結合、および計算できる個別の一貫した構造のレコードに変換することである。この目的のために、多くのデータベースおよびメタデータベースによる文献からのタンパク質、遺伝、および他の形式の相互作用データの正確なアノテーションにより、細胞機能の直観的およびより形式的なモデルの両方の定式化が促進された(ref.16)。

 相互作用データセットの生物学的一般リポジトリ(BioGRID:https://thebiogrid.org)は、生物医学文献で報告されているタンパク質および遺伝的相互作用データのオープンアクセス集中リポジトリとして最初に開発された(ref.18)。 2003年発表以来、BioGRIDは、ヒトや、線虫の線虫Caenorhabditis elegans、ショウジョウバエ、キイロショウジョウバエ、ゼブラフィッシュ、ダニオ・レリオ、およびマウスのハツカネズミなど、多くの動物、大腸菌、出芽酵母Saccharomyces cerevisiae、分裂酵母Schizosaccharomyces pombe、植物のシロイヌナズナなどの主要なモデル生物で公開された実験データによってサポートされているほぼ160万の生物学的相互作用を蓄積してきた。 BioGRIDは、翻訳後修飾(PTM)のキュレーションと、遺伝子/タンパク質と生物活性小分子との間の化学的相互作用の注釈を含むように範囲を拡大した。 BioGRIDキュレーションは、制御された実験語彙によって管理され、テキストマイニング方法によって導かれる。 BioGRIDデータコンテンツは、Saccharomyces Genome Database(SGD)(ref.19)またはWormBase(ref.20)などのモデル生物データベース(MOD)とのパートナーシップを通じて更新され、生物医学コミュニティに無料で配布される。前回の更新(ref.23)以来、CRISPR Screens(ORCS)のオープンリポジトリと呼ばれるBioGRID内の新しいリソースが開発され、複数のモデル生物種にわたって大規模なCRISPRスクリーンデータセットを収容および配布している(https://orcs.thebiogrid.orgを参照)。したがって、BioGRIDは、基礎研究および臨床研究の発見を促進するために、厳密にアノテーションが付けられたリソースを生物学、生物医学、および計算生物学の研究コミュニティに提供する。

 

wikipedia

BioGRID - Wikipedia

help

https://wiki.thebiogrid.org

 


使い方

PKさん(https://twitter.com/t_kahi)のまとめがとてもわかりやすいです。リンク先を確認して下さい。

 

TP53(p53)で検索してみる。

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生物はHomo sapiensを選ぶ。

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結果が表示された。

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4つのview形式から選べる。

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Interactors - 様々なwetの実験からの相互作用

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Interactions

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NetworkChemicals (2)

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Chemicals

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PTM Sites

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引用

The BioGRID interaction database: 2019 update
Rose Oughtred, Chris Stark, Bobby-Joe Breitkreutz, Jennifer Rust, Lorrie Boucher, Christie Chang, Nadine Kolas, Lara O’Donnell, Genie Leung, Rochelle McAdam, Frederick Zhang, Sonam Dolma, Andrew Willems, Jasmin Coulombe-Huntington, Andrew Chatr-aryamontri, Kara Dolinski, Mike Tyers
Nucleic Acids Research, Volume 47, Issue D1, 08 January 2019, Pages D529–D541

 

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