macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Gene Ontologyデータベース AmiGO2

 

AmiGOのペーパーより

Gene Ontologyプロジェクト[GO(http://www.geneontology.org); Gene Ontology Consortium、2000]は、構造化された統制語彙、またはオントロジーを開発し、遺伝子およびその産物(遺伝子産物)の基本的な特性を種に依存しない方法で記述する。 GOコンソーシアムのメンバーは、これらのオントロジーを使用して作成されたアノテーションを、統合と普及のためにGOデータベースに送信する。 このリソースへの広範なアクセスを提供するために、GOコンソーシアムは、ユーザーが目的のデータを検索、ソート、分析、視覚化、およびダウンロードできるWebベースのアプリケーションであるAmiGOを開発した。 オントロジー、遺伝子産物、アノテーションの詳細を提供するとともに、AmiGOはBLAST(Altschul et al、1990)検索、用語の強化、GO Slimmerツール、GO Online SQL Environment、ユーザーヘルプガイドを備えている。

 

AmiGO2 wiki

http://wiki.geneontology.org/index.php/AmiGO_2

GO term

https://ja.wikipedia.org/wiki/遺伝子オントロジー

 

 

使い方

ここでは検索機能について簡単に見ていく。

AmiGO2(http://amigo.geneontology.org/amigo/landing)にアクセスする。

f:id:kazumaxneo:20190823212616p:plain

 

 

1、Search: annotation

ユーザーが指定した条件でannotationを絞り込むことができる。

search = > annotationを選択。

f:id:kazumaxneo:20190823212705p:plain

 左側のメニューを操作して絞り込んでいく。

f:id:kazumaxneo:20190823215204p:plain

 

OrganismからEukaryotaの+をクリックし、Eukaryotaのみにした。f:id:kazumaxneo:20190823214906p:plain

 

さらに、GO classでbiological_processを+し、TypeでmiRNAを+した。

f:id:kazumaxneo:20190823215159p:plain

 

リストが指定した条件で絞り込まれた。

f:id:kazumaxneo:20190823215648p:plain

 

 

 

 2、Search: Gene Ontology

GOだけで検索するならOntologyを選ぶ。

f:id:kazumaxneo:20190824134556p:plain

手順はannotationと同じになる。一番下のGenes and ~ も手順は同じ。

 

 

3、Browse: Drill-down Browsing of Ontologies 

Gene Ontologyが階層表示される。

http://amigo.geneontology.org/amigo/dd_browse

f:id:kazumaxneo:20190824134826p:plain

+ /- ボタンを操作してサブ階層を展開していく。

f:id:kazumaxneo:20190824135202p:plain

ポップアップされたウィンドウの一番番下のGene productsリンクをクリック。

 

そのGO termに含まれる遺伝子セットが表示される。

f:id:kazumaxneo:20190824135516p:plain

 

この状態から、特定の生物にあるか調べる。左のメニューのOrganismからFungiを選択。さらにCandida albicansを選択。

f:id:kazumaxneo:20190824135737p:plain

 

Candida albicansの該当GO termがタグ付けされている遺伝子一覧が表示された。

f:id:kazumaxneo:20190824135824p:plain

生物名をクリックするとNCBIのtaxnomy browserにジャンプする。taxonomyの位置付けを調べることはもちろん、これまで登録されてきたCandida albicansの様々なstrainを表示することもできる。PANTHERの方は、ジャンプして保存されている生物の確認や、マルチプルシーケンスアラインメント(MSA)と系統樹作成などが実行できる(PANTHERは別に紹介します)。

 

 

4、Visualization

GO term同士をネットワークでつないだ非循環有向グラフで視覚化できる (manual)。

http://amigo.geneontology.org/visualize?mode=client_amigo

f:id:kazumaxneo:20190824143443p:plain

 

Base statisticsではAmiGO2で利用可能なデータの要約を見ることができる。

http://amigo.geneontology.org/amigo/base_statistics

f:id:kazumaxneo:20190824140958p:plain


 

AmiGo2で利用可能なツールの一覧はこちらを参照

http://amigo.geneontology.org/amigo/software_list

f:id:kazumaxneo:20190824141425p:plain

 

AmiGOは、どちらかといえば他のデータベースでGO enrichment解析を行い、そのリンク先として使うことが多いかもしれませんね。

引用

Carbon S., Ireland A., Mungall C.J., Shu S., Marshall B., Lewis S.

AmiGO: Online access to ontology and annotation data

Bioinformatics. 2009;25:288–289

 

AmiGO 2

Available online: http://amigo.geneontology.org/amigo/landing.

 

関連