macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

解析内容などから適したインフォマティクスツールを探せる Bio-TDS

 

 バイオインフォマティクスと計算生物学は、バイオサイエンスとバイオメディカル研究において重要な役割を果たす。研究者が実験プロジェクトを設計する際には、データから新しい知識発見に至る最も関連性の高いバイオインフォマティクスツールキットを見つけることが大きな課題となる。 Bio-TDS(Bioscience Query Tool Discovery Systems、http://biotds.org/)は、研究者が最も適用可能な分析ツールをフリーテキスト検索して探せるように開発された。 Bio-TDSは、複数のバイオサイエンス領域(例えばゲノム、プロテオーム、バイオイメージング)の統合されたコミュニティリポジトリから12000個の分析ツールを照会する能力をユーザに提供する、柔軟な検索システムである。 Bio-TDSの主なコンポーネントの1つは、アノテーション、キュレーション、クエリ処理、評価のためのオントロジー自然言語処理ワークフローである。 Bio-TDSの科学的影響は、biological data analysisに焦点を当てたサイトであるBiostarsにおいて研究者が質問したサンプルを用いて評価された。 Bio-TDSは、5つの同様のバイオサイエンス分析ツール検索システムと比較され、関連性および完全性に関して他のものよりも優れていた。 Bio-TDSは、知識発見プロセスにおいて、データ分析に必要な、研究者の質問と最も関連性の高い計算ツールセットを結びつける能力を提供する。

 

Getting started

http://biotds.org/help/gettingstarted.xhtml;jsessionid=65897f4ccf9e2f234ddcd3a7883b

Overview

他のチュートリアル動画

http://biotds.org/help/videos.xhtml;jsessionid=672bf8c8cc3e16f417347fd7b17a

Bio-TDSに関するツイート。

 

ラン

http://biotds.orgにアクセスする。

f:id:kazumaxneo:20180726202446p:plain

 

1、キーワード検索

例えばクエリとしてRNAとタイプ。インクリメンタルサーチに対応しており、候補が表示される。RNA secondary structureを選択。Searchボタンをクリック。

f:id:kazumaxneo:20180727004136p:plain

候補のツールが表示される。

f:id:kazumaxneo:20180727004434p:plain

クリックすると、詳細とツールへのリンクが表示される。

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ツール名を直接打って検索することもできる。

 

2、分野から検索。

ツールが研究分野毎に分類されている。画像はBioinformaticsを選択したところ。

f:id:kazumaxneo:20180727005128p:plain

 

3、Methodから検索。

画像はpathwayを選択したところ。

f:id:kazumaxneo:20180727005450p:plain

 

4、Data formatから検索。

Alignmentから検索。

f:id:kazumaxneo:20180727005928p:plain

 

引用
Bio-TDS: bioscience query tool discovery system

Gnimpieba EZ, VanDiermen MS, Gustafson SM, Conn B, Lushbough CM

Nucleic Acids Res. 2017 Jan 4;45(D1):D1117-D1122