macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

バクテリアのPan genome解析ツール FRIPAN

2020 2/14 追記

 

公式ページ

http://www.vicbioinformatics.com/software.fripan.shtml

 

インストール

Github

https://github.com/drpowell/FriPan

brew install npm #npmがない人だけ

#python2環境で動かす
conda create -n FriPan python=2.7
conda activate FriPan
git clone https://github.com/drpowell/FriPan
cd FriPan
npm install
make compile

 

実行方法

git cloneしたFriPanのルートディレクトリにroaryで解析した結果のgene_presence_absence.csvファイルを変換したファイルを置く。input.roaryとリネームしておく。 

./server.sh

gene_presence_absence.csvファイルの変換スクリプト

https://github.com/kwongj/roary2fripan

 

デモデータ

 公式ページからリンクされているデモデータを開く。

f:id:kazumaxneo:20171209013449j:plain

 

緑のブロックにカーソルを合わせると、該当するゲノムが赤くなり、ゲノムとORFがポップアップ表示される。同時に上の系統樹とMDSのプロットの該当する菌も赤く表示される。

f:id:kazumaxneo:20171209121535p:plain

系統樹をクリックしても同じことができる。

f:id:kazumaxneo:20171209121920p:plain

 

 

 

右端のパラメータDendrogramをHorizontalに変更。

f:id:kazumaxneo:20171209121042p:plain

 

 Vertical scaleを0.5に縮小。

f:id:kazumaxneo:20171209121149p:plain

 

 

 

 

引用

FriPan - interactive pan-genome explorer