macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

バクテリアのPan genome解析ツール FRIPAN

 

公式ページ

http://www.vicbioinformatics.com/software.fripan.shtml

 

インストール

Github

https://github.com/drpowell/FriPan

brew install npm #npmがない人だけ

git clone https://github.com/drpowell/FriPan
cd FriPan
npm install
make compile

 

ラン

 公式ページからリンクされているデモデータを開く。

f:id:kazumaxneo:20171209013449j:plain

 

緑のブロックにカーソルを合わせると、該当するゲノムが赤くなり、ゲノムとORFがポップアップ表示される。同時に上の系統樹とMDSのプロットの該当する菌も赤く表示される。

f:id:kazumaxneo:20171209121535p:plain

系統樹をクリックしても同じことができる。

f:id:kazumaxneo:20171209121920p:plain

 

 

 

右端のパラメータDendrogramをHorizontalに変更。

f:id:kazumaxneo:20171209121042p:plain

 

 Vertical scaleを0.5に縮小。

f:id:kazumaxneo:20171209121149p:plain

 

 

 

 紹介しましたが、まだ製作途中なのか入力ファイルの作製方法等について詳細な記述がありません。更新されましたら記載します。

 

 

 

引用

FriPan - interactive pan-genome explorer