macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ナノポアリードをマッピングする NanoBLASTer

Nanopore long read mapping

NanoBLASTer はナノポア用のアライメントツール。S. cerevisiaeとEscherichia coliのゲノムリシーケンス解析で、LAST、BLAST、 BWA-MEM、GraphMap よりアライメント率が高く、ランニングタイムも短かったと主張されている。

 

ダウンロード

Github

git clone https://github.com/ruhulsbu/NanoBLASTer.git
cd NanoBLASTer/nano_src
make

追記: mac OSではコンパイルできても動作しなかったので、cent OSでテストした。 

 

実行方法

defaultモードでランする (KMER=11, ANCHOR=40 and CLUSTERS=10)。

nanoblaster -r path/to/reference.fa -i path/to/reads.fa -o output
  • -r　To specify the name of Reference file (FASTA format)
  • -i　To specify the name of Reads file (FASTA format)
  • -o　To specify the prefix of Output file

output.samが出力される。

 

fastモードでランする (KMER=13, ANCHOR=45 and CLUSTERS=10)。

nanoblaster -C10 -r path/to/reference.fa -i path/to/reads.fa -o output
  • -C　To specify one of the Parameters: -C10, -C25, or -C50

 

sensitiveモードでランする (KMER=11, ANCHOR=40 and CLUSTERS=25)。

nanoblaster -C25 -r path/to/reference.fa -i path/to/reads.fa -o output

 

highly sensitiveモードでランする (KMER=11, ANCHOR=40, CLUSTERS=50 and SENSITIVITY=TRUE)。

nanoblaster -C50 -r path/to/reference.fa -i path/to/reads.fa -o output

  

highly sensitiveモードでランする (KMER=11, ANCHOR=40, CLUSTERS=50 and SENSITIVITY=TRUE)。

nanoblaster -C10 -g 4 -r path/to/reference.fa -i path/to/reads.fa -o output
  •  -g　To specify the interval (or Gap) length between KMERs

 

constant.hファイルを修正すれば、マッチやギャップができた時のペナルティを修正できる。詳細はGitの解説を参考にしてください。

https://github.com/ruhulsbu/NanoBLASTer

 

 

 

引用

NanoBLASTer: Fast alignment and characterization of Oxford Nanopore single molecule sequencing reads

Mohammad Ruhul Amin, Steven Skiena, Michael C. Schatz

Conference: 2016 IEEE 6th International Conference on Computational Advances in Bio and Medical Sciences (ICCABS)
 DOI: 10.1109/ICCABS.2016.7802776