macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

フォーマット変換 bam=> Fastq

 

bam2fastqを使う。ただし、公式サイトでは今後は使用非推奨と記載されています。これまでのデータであれば問題ないと思われますが、注意して使ってください。

 

ダウンロード

公式サイト

Genomic Services Laboratory at HudsonAlpha

 ダウンロードして解凍し、解凍したディレクトリでmakeすれば使える。

make

 

ラン

シングルリード

bam2fastq input.bam -o input.fq
  • -o Specifies the name of the FASTQ file(s) that will be generated

ペアリード

bam2fastq input.bam -o input#.fq

input_1.fqとinput_2.fqが出力される。

 

アンマップペアリードの出力

bam2fastq input.bam -o input#.fq --no-aligned --force --strict
  • --aligned または --no-aligned  Reads in the BAM that are aligned will (will not) be extracted. [Default: extract aligned reads]
  • --force Create output files specified with --output, overwriting existing files.
  • --strict  Keep bam2fastq's processing to a minimum, assuming that the BAM strictly