workflow manager

再現性のあるメタゲノム解析を行うためのモジュール設計された自動パイプライン Sunbeam

2019 Microbiome (Journal) workflow manager automated pipeline metagenome contamination low complexity error correction quality check filtering assembly SRA download mapping 高速なツール

2019 6/26 誤字修正メタゲノミックショットガンシークエンシングは、関心のある微生物混合群からDNAを抽出し、無作為に抽出されたDNAをディープシーケンシングする。これは、特定の標的遺伝子領域が増幅およびシーケンシングされるマーカー遺伝子シーケンシ…

RNA seq assembly Reference-assisted assembly workflow 2018 GigaScience RNAseqの定量 automated pipeline superTranscript workflow manager docker

2018 10/31、11/2 タイトル、コード等修正、docker追加シーケンシングされた種の数が増加しているが、ゲノムの大部分は不完全である。それらにはギャップが含まれていても、配置されていない領域が残っていてもよく、アノテーションが不十分な場合もある。…