workflow manager
metagenome
automatic pipeline
Preprint
2017
taxonomic assignment
生物種の推定 (taxonomic profiling)
abundance estimation in metagenomics data
Binning (metagenomics)
workflow manager
annotation
開発中
2019 10/26関連ツール追加 2019 10/26 インストール手順修正 2019 10/29 同上 2019 10/29 コメント追加 メタゲノミクスおよびメタトランスクリプトミクス研究は、多様な環境からの微生物集団の組成および機能に関する貴重な洞察を提供するが、培養株の遺伝子…
2019
Microbiome (Journal)
workflow manager
automatic pipeline
metagenome
contamination
low complexity
error correction
quality check
filtering
assembly
SRA
download
mapping
高速なツール
2019 6/26 誤字修正 メタゲノミックショットガンシークエンシングは、関心のある微生物混合群からDNAを抽出し、無作為に抽出されたDNAをディープシーケンシングする。これは、特定の標的遺伝子領域が増幅およびシーケンシングされるマーカー遺伝子シーケンシ…
RNA seq
assembly
Reference-assisted assembly
workflow
2018
GigaScience
RNAseqの定量
automatic pipeline
superTranscript
workflow manager
docker
2018 10/31、11/2 タイトル、コード等修正、docker追加 シーケンシングされた種の数が増加しているが、ゲノムの大部分は不完全である。それらにはギャップが含まれていても、配置されていない領域が残っていてもよく、アノテーションが不十分な場合もある。…
