workflow manager
metagenome
automatic pipeline
Preprint
2017
taxonomic assignment
生物種の推定 (taxonomic profiling)
abundance estimation in metagenomics data
Binning (metagenomics)
workflow manager
annotation
開発中
2020
BMC Bioinformatics
2019 10/26関連ツール追加 2019 10/26 インストール手順修正 2019 10/29 同上 2019 10/29 コメント追加 2020 6/28 論文とツイート追記、実行手順は確認中 メタゲノミクスおよびメタトランスクリプトミクス研究は、多様な環境からの微生物集団の組成および機…
2019
Microbiome (Journal)
workflow manager
automatic pipeline
metagenome
contamination
low complexity
error correction
quality check
filtering
assembly
SRA
download
mapping
高速なツール
2019 6/26 誤字修正 メタゲノミックショットガンシークエンシングは、関心のある微生物混合群からDNAを抽出し、無作為に抽出されたDNAをディープシーケンシングする。これは、特定の標的遺伝子領域が増幅およびシーケンシングされるマーカー遺伝子シーケンシ…
RNA seq
assembly
Reference-assisted assembly
workflow
2018
GigaScience
RNAseqの定量
automatic pipeline
superTranscript
workflow manager
docker
2018 10/31、11/2 タイトル、コード等修正、docker追加 シーケンシングされた種の数が増加しているが、ゲノムの大部分は不完全である。それらにはギャップが含まれていても、配置されていない領域が残っていてもよく、アノテーションが不十分な場合もある。…
