macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

time series dataset

非線形な低次元プロットを用いてデータパターンを可視化して調査するStreamlitアプリ GECO

シーケンシング技術の継続的な進歩により、「オミクス」というレンズを通して生物学的システムを理解する上での限界は、もはやデータの生成ではなく、それを解析する能力にある。重要なことは、この豊富な「-omics」データの多くは一般に公開されており、さ…

時系列データなどの連続データを視覚化するwebサービス PlotTwist

2020 3/13 誤字修正、補足説明追加 要約だけでなく、個々の測定からの実際のデータを表示することで、実験結果の理解が深まり、より完全な全体像が得られることは長年にわたって強調されてきた[ref.1-3]。これは、ダイナミクスを研究するための時間依存デー…

groopM

微生物群集の機能と進化を理解する能力は、特定の生態系のほとんどの構成種を培養できないことで妨げられてきた(論文より Hugenholtz、Goebel&Pace、1998)。ショットガンシーケンシングの環境DNAへの応用であるMetagenomicsは、この培養のボトルネックを…

たくさんのスモールゲノムを比較したり、複数メタゲノムアセンブリのde-replicationを行う dRep

2019 5/7 インストール追記 20196/16 パラメータ追記 20196/16 upしたdocker イメージのエラー修正 2019 6/18 link追加 メタゲノム研究により、シーケンシングされ、ドラフト品質ゲノムが解読される微生物ゲノムの数は毎年急速に拡大している。大きなゲノム…

共発現遺伝子の自動クラスタリングツール CLust

遺伝子の転写は、すべての生物において動的かつ協調的に調節される。そのような協調的調節は、時系列およびperturbation-responseデータセット (参考HP) における転写産物の協調的変化として明白である。遺伝子の転写は、遺伝子のプロモーター領域またはエン…