macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

taxonomy ID

メタゲノムの既知および未知バクテリアの存在量を推定single-copy phylogenetic marker genesに基づいて見積もる mOTUs2

2019 4/26 mergeエラー修正及び追記 微生物は、地球上の生命や環境中の地球化学的プロセスに影響を与える、相互作用する種の複雑な共同体に住んでいる。したがって、それらが形成するコミュニティの構成を正確にプロファイルし、比較することは基本的な関心…

種の形質をコレクションするデータベース Traitpedia

種はそれらの遺伝子型および表現型によって一義的に定義することができる。この遺伝子型および表現型は非常に密接に絡み合っており、追加の環境コンポーネントがこの関係の広い理解を複雑にしている。表現型、または形質は、生物の遺伝情報にある程度依存し…

表現型や遺伝子情報からどんな菌かを絞り込めるwebツール BaFF

現在のシナリオでは、生物学的データの大量生成は、特に原核生物のような多数の生物に関していくつかの実験的および計算技術の結果として、ますます一般的になっている。例えば、メタゲノミクス実験からは、所与の試料(例えば、腸、海水など)中でDNA断片か…

メタゲノムのアセンブリcontig.fastaに精度の高い系統情報をアサインするCATと、binned.fastaに精度の高い系統情報をアサインするBAT

2019 2/15 タイトル修正 2019 2/26 コマンドの誤り修正 メタゲノミクスは、自然環境における微生物群集からのDNAのダイレクトシーケンシングであり、生物圏の膨大な微生物配列を発見することによって微生物学の分野に革命をもたらした。 DNAシーケンシングの…

ゲノムをダウンロードして簡単に総当たりANI比較を実行できる pyani

このモジュールはいくつかの代替方法のうちの1つに従って平均ヌクレオチド同一性ANIを計算する。ANIは、DNA-DNAハイブリダイゼーション(DDH )の適切なin silico代替物であると提案されており、したがって種の境界を描写するのに有用となる。 文献中の種の…

taxonomy ID、学名、系統情報など相互変換できるツール taxonkit

2019 1/24 リネージュコマンドのミス修正 NCBI taxonomy databaseは、公共のシーケンスデータベースに含まれるすべての生物の分類(以後taxonomy)および命名法をまとめたものである(NCBI、2018)。taxonomyデータベースの一般的な操作には、分類名からのta…

NCBI FTPサーバからゲノム配列をダウンロードする ncbi-genome-download

タイトルの通りの機能をもつスクリプト。 ncbi-genome-downloadに関するツイート インストール mac os10.13のminiconda2-4.0.5環境でテストした。 依存 本体 GIthub #anaconda環境ならcondaで導入できるconda install -y -c bioconda ncbi-genome-download >…