macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

taxonomy ID

NCBI taxdumpをlineageファイルに変換するスクリプト NCBItax2lin

2020 9/9,9/10 コード修正 タイトルの通り。 インストール condaでpython3.7の仮想環境を作ってテストした(macos10.14)。 依存 ncbitax2lin requires python-3.7 Github conda create -n ncbitax2lin -y python=3.7conda activate ncbitax2linpip install …

バクテリアとアーキアの正式名称やタイプストレイン情報などを掲載するデータベース LPSN

2020 9/3、9/6 誤字修正 1997年の論文 このリストには、International Journal of Systematic Bacteriologyに掲載された細菌の正式名称がアルファベット順に年代順に掲載されている。5,569種(1996年12月31日現在)を網羅しており、インターネット上で入手可…

Linnean分類システムのランクに応じて分類学の系統を提供する分類学データベース Taxallnomy

あらゆる生物学的データは分類学的データと密接にリンクしており、いくつかのバイオインフォマティクス分析は目的を達成するために分類学的情報に依存している。メタゲノミクス、臨床法医学、その他の分野では、サンプル中に存在する生物を同定し、グループ…

UniprotのID変換webサービスを使い、UniProt accessionsからタンパク質のアノテーションを得る

2020 2/4 追記 UniProtのRetrieve/ID mappingサービスを使用すると、UniProt accessions IDからGenbankの配列、PDBのID、Entrez Gene ID、GI nnumber、タンパク質のアノテーションなどに変換できる。 Converting UniProt identifiers to external identifers…

パンゲノム解析を行うためのprokaryotesゲノム情報のデータベース proGenomes2

2019 10/27 twitter追記2 019 10/27 ブラウザについて追記 大規模ゲノミクスは、微生物の理解を深めるために役立っている。微生物学は、数千のシーケンスされたゲノムを利用できるデータ集約型の分野に発展した(ref.1–3)。過去20年以上にわたり、シークエ…

シングルの配列やメタゲノムのbinned.fastaのtaxonomic classificationを行う BASTA

2019 7/13 説明修正 2019 8/1 説明追記 2020 1/21 インストール手順修正 2020 2/4 データベースダウンロード手順修正 2020 4/17 コマンド修正 2020 4/19 binned fastaを使う手順追記 DNAシーケンシング、例えばアンプリコン、メタゲノムおよび全ゲノムシーケ…

メタゲノムの既知および未知バクテリアの存在量を推定single-copy phylogenetic marker genesに基づいて見積もる mOTUs2

2019 4/26 mergeエラー修正及び追記 2019 7/2 インストール追記 2019 8/6 リンク追加 2020 4/18 condaインストール追記 2020 8/24 インストール 追記 微生物は、地球上の生命や環境中の地球化学的プロセスに影響を与える、相互作用する種の複雑な共同体に住…

種の形質をコレクションするデータベース Traitpedia

種はそれらの遺伝子型および表現型によって一義的に定義することができる。この遺伝子型および表現型は非常に密接に絡み合っており、追加の環境コンポーネントがこの関係の広い理解を複雑にしている。表現型、または形質は、生物の遺伝情報にある程度依存し…

表現型や遺伝子情報からどんな菌かを絞り込めるwebツール BaFF

現在のシナリオでは、生物学的データの大量生成は、特に原核生物のような多数の生物に関していくつかの実験的および計算技術の結果として、ますます一般的になっている。例えば、メタゲノミクス実験からは、所与の試料(例えば、腸、海水など)中でDNA断片か…

メタゲノムのアセンブリcontig.fastaに精度の高い系統情報をアサインするCATと、binned.fastaに精度の高い系統情報をアサインするBAT

2019 2/15 タイトル修正 2019 2/26 コマンドの誤り修正 2019 7/7 インストール説明修正 2019 10/25 論文引用追記 2019 10/29 wgetしてくるデータベースのリンク更新 2020 1/8 コマンドの例修正 2020 2/5 インストールの流れ修正 メタゲノミクスは、自然環境…

ゲノムをダウンロードして総当たりANI比較を実行する pyani

2020 2/12 タイトル修正 2020 2/20 コメント追加 2020 2/25 インストール手順修正 2020 10/5 コマンド微修正 2020 10/9 インストール微修正 このモジュールはいくつかの代替方法のうちの1つに従って平均ヌクレオチド同一性ANIを計算する。ANIは、DNA-DNAハ…

taxonomy ID、種名、系統情報など相互変換する taxonkit

2019 1/24 lineageコマンドのミス修正 2019 7/5 ツイート追記 2019 7/9 タイトル修正、ツイート追記 2020 4/29 ツイート追記 2020 9/7 説明修正、タイトル変更 2020 9/8 インストール追記 NCBI taxonomy databaseは、公共のシーケンスデータベースに含まれる…

NCBI FTPサーバからゲノム配列をダウンロードする ncbi-genome-download

2019 11/8 コマンドのミス修正("Escherichia coli" => "Escherichia") 2019 12/19 関連ツールリンク追加 タイトルの通りの機能をもつスクリプト。 ncbi-genome-downloadに関するツイート インストール mac os10.13のminiconda2-4.0.5環境でテストした。 依…