macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

education

シーケンシング技術と解析フローチャートを学ぶためのナリッジベース SequencEnG

次世代シークエンシング(NGS)技術は、ゲノムおよびエピゲノムプロファイルを生成するための強力な方法を提供することで、生物医学研究に革命をもたらしている。この急速な進歩により、学生や研究者にとって、利用可能な数多くの方法を熟知しておくことが喫…

ノンスペシャリストのための系統解析webサービス NGPhylogeny.fr

系統樹の推論と解釈は、広範囲の生物学的領域(比較ゲノミクス、機能予測、メタゲノミクス、種同定、分類学、分子疫学、集団遺伝学など)を対象とする多数の研究で必要となる。Phylogeny.fr(ref.1)はもともと、次の手順に基づいてワークフローを実装するこ…

初めてコマンドを使う人向けの解説:その2、ツールをインストールする環境の構築 (mac対象)

2019 10/16 誤字とおかしな文章を修正 2019 10/17,10/18,10/20同上 2019 10/19 次回について追記 2020 4/9 macの写真を更新 2020 4/29動画リンク追記 2020 5/12 anaconda3.8 ダウンロードリンク追記 2020 7/26 仮想環境追記 昨日ツイートしていた通り、次世…

教育にも利用できる、何百ものバイオインフォマティクスツールが入った包括的コンテナ環境 ORCA

2019 4/25 誤字修正 効果的なバイオインフォマティクス分析のための適切なプラットフォームを設定することは困難な場合がある。標準のソフトウェアパッケージをインストールするために必要な依存関係とバージョン要件を決定することは、分析を始める前の障壁…

バクテリアとアーキアのデータベース EzBioCloud

2019 7/5 関連ツール追記について追記 現代のバクテリアと古細菌の分類学の目標の1つは種の客観的定義である。分類を決定するプロセスは、新しいテクノロジーの出現により、時とともに継続的に改善されてきた。 PCRとそれに続く16S rRNA遺伝子のシークエンシ…

インタラクティブなRNA seq解析webアプリケーション iDEP

2019 5/23 tweet追記 2019 9/26 動画追加 2019 11/30 ツイート追記 2019 12/22 統合TVリンク追加 2020 2/2 8章補足資料リンク追加 RNAシークエンシング(RNA-Seq)[1]は、ゲノムワイドな発現解析のための日常的な技術となった。ますます低コストで、ライブ…

Freiburg RNA tools

RNA生物学は分子生物学および生物医学研究における重要なtopicである。biological systemsにおけるRNAの機能は e.g., 病気のプロセスに関するイノベーション(1)からCRISPR-Casに基づく最近の遺伝子編集のイノベーション(2,3)に至るまで、複雑で範囲が広…

バイオインフォマティクスのツールを再現性よく実行するためのコンテナ仮想化ツール群 BioContainers

2018 10/2 誤字修正 2018 11/4 追記 2019 6/2 リンク追加 2020 4/7 補足説明追加 バイオインフォマティクスは、新しいアルゴリズムの開発、複雑なパイプラインへの様々なツールの接続(Perez-Riverol et al、2014)、それらの蓄積と普及により、システム生物…

データに適した視覚化フォーマットにナビゲートし、その描画コードを教えてくれる From Data to Viz

2020 3/3 タイトル修正 From Data to Vizは、決定木(wiki)を使ってデータの可視化に適したフォーマットを教えてくれるwebサイト。 From Data to Vizに関するツイート。 From data to Viz | Find the graphic you need 下記の決定木を使い、自分の所有して…