macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Virulence Factor

(病原性の)大量のバクテリアゲノムの自動解析パイプライン TORMES

連休中は不定期更新になります。よろしくお願いいたします。 ハイスループットシーケンシング(HTS)技術の進歩およびシーケンシングコストの削減は、全ゲノムシーケンシング(WGS)が多くの伝統的な実験室アッセイおよび手順に取って代わることができる…

E.coliとKlebsiellaに対応したWGSからのプラスミド検出ツール PlaScope

最近、いくつかの研究がin silicoプラスミド予測ツールの有効性を評価している[ref.1、2]。実際、現在、多くのバイオインフォマティクス法が、リードカバレッジ解析(例:PlasmidSPAdes)、k-merベースの分類(例:cBAR、PlasFlow)、レプリコン検出(例:Pl…

抗生物質耐性遺伝子や病原性遺伝子を素早く検索する ABRicate

2019 3/1 コマンド及びランの流れ更新 2019 3/3 リンク修正 2019 3/14 condaインストール追記 2019 4/12 dockerリンク追加 ABRicateはTorsten SeemannさんがGithubに公開されている抗生物質耐性遺伝子や病原性遺伝子、腸内細菌科プラスミドの検索ツール。web…

Genomic islandsを検出し視覚化する IslandViewer

ゲノムアイランド(GIs)は、一般に、バクテリアゲノムまたはアーキアゲノムにおける水平伝達が起源の遺伝子のクラスターとして定義される(wiki)。GIはゲノム進化の主要な推進因子であり、ニッチ(論文より ref.1,2)内のバクテリアおよびアーキアの適応度…