macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

PeerJ

メタゲノムのraw fastqから高速なtaxonomy assignmentを行う FOCUS

微生物は他のどの細胞生物よりも豊富であり(Whitman、Coleman&Wiebe、1998年)、どの生物が存在し、それらが何をしているのかを理解することが重要である(Handelsman、2004)。多くの環境では、微生物群集の大多数は培養できず、メタゲノムは未培養のゲノ…

rawロングリードから直接MLSTタイピングを行う Krocus

2019 4/16 コマンド修正 急速にコストが下がる中、Pacific Biosciences(PacBio)やOxford Nanopore Technologies(ONT)のようなロングリードシークエンシング技術がアウトブレイク調査に使われ始めている(Faria et al、2017; Quick et al、2015)。そして…

メタゲノムシーケンシングリードからCRISPRスペーサーを検出する MetaCRAST

原核生物のゲノムに見られる clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) arraysは、我々がより多くの生態系において重要なウイルス - 微生物相互作用をよりよく理解するのを助け得る。ウイルスは溶菌感染を介して細胞内の栄養を生…

Bracken

メタゲノミクスは、急速にそして安価に膨大な量のDNA配列を生成する能力に部分的に起因して、急速に成長している研究分野である。ヒトゲノムが2001年に最初に発表されて以来(The International Human Genome Sequencing Consortium、2001; Venter et al、20…

遺伝子水平伝播をシミュレートする HgtSIM

2019 2/9 タイトル誤字修正 Horizontal gene transfer (HGT) は、微生物の進化と適応における重要な力として認識されている(Soucy、Huang&Gogarten、2015)。単離された微生物のドラフトまたはフィニッシュしたゲノム中のHGTを同定する多数のパイプライン…

メタゲノムのアセンブル配列からウィルス由来配列を見つける VirSorter

細菌と古細菌に感染するウイルスはこれまでにサンプリングされたあらゆるタイプのバイオームにありふれており、豊富に存在する。ウイルス - 宿主相互作用は地球化学的循環からヒトの健康まで生態系機能を変化させる(Fuhrman, 1999; Wommack & Colwell, 2000…

groopM

微生物群集の機能と進化を理解する能力は、特定の生態系のほとんどの構成種を培養できないことで妨げられてきた(論文より Hugenholtz、Goebel&Pace、1998)。ショットガンシーケンシングの環境DNAへの応用であるMetagenomicsは、この培養のボトルネックを…

複数ゲノムを比較し、結果をインタラクティブに視覚化する AliTV

2018 11/12 リンクエラー修正 2019 3/9 分かりにくい部分を修正 過去10年にわたるショートリードシーケンシング、ロングリードシーケンシングおよびアセンブリの進歩(Salzberg et al、2011; Chin et al、2013; Hackl et al、2014)は、全ゲノムシーケンシン…

複数のアセンブラとk-merを使ったTranscriptome 自動アセンブリワークフロー Oyster River Protocol

2018 11/2 コマンド追記 & 誤字修正 2018 11/7 誤字修正 2019 4/6 docker追記 2019 6/17 追記、誤字修正 現代のシーケンシング技術は細胞内の代謝過程から人口変動パターンまで、非常に幅広い自然現象の基礎となるゲノムレベルのプロセスを深く理解する機会…

MetaBAT

ハイスループットのメタゲノムショットガンシークエンシングは、環境から採取された微生物群集を直接研究するための強力なツールであり、それによって培養から解放され、また培養から生じる可能性のあるバイアスを回避する。ショートメタゲノムショットガン…

バクテリアのシーケンシングデータ分析ツール GenomePeek

シーケンシングコストが低下するにつれて、バクテリアゲノムの配列が増加している。現在、NCBI(Benson et al、2009; Sayers et al、2009)、SEEDデータベース(Overbeek、Disz&Stevens、2004)には約15,000種類の原核生物ゲノムがあり、約75,000種類のアセ…

ラージゲノムにも対応したdot plot解析ツール D-GENIES

ドットプロットは、2組のシーケンスを視覚的に比較するために一般的に使用される。それらは挿入、欠失、逆位またはリピートを容易に理解できる方法で提示する。可変の線の太さ、線の形または色を使用して類似点の差異を表すことができる。産生されるゲノムア…

NGSデータからプラスミドを検出するplasmidseeker

2019 2/26 誤字修正 プラスミドは、自律的複製および接合が可能な環状または線状の二本鎖DNA分子である。プラスミドは生命の3界すべてに記述されている(Antipov et al、2016)。細菌プラスミドは、ヒトに有毒な多剤耐性細菌の急速な増加に寄与しているホス…

クラスタを自動で決めてビニングする BinSanity

2019 4/25 誤字修正 微生物の生態学に関する研究は、微生物の単離と培養が困難であることによるボトルネックを経験することが普通である(論文より Staley&Konopka、1985)。実験室環境でほとんどの生物を培養することの困難さのために、代替方法を使ってコ…

メイトペア情報を使いスキャホールドの誤りを検出する NxRepair

ゲノムのde novoアセンブリの一般的な方法は、de Bruijnグラフ(論文より Compeau、Pevzner&Tesler、2011)の構築に基づく。最も単純なケースでは、グラフはシングルエンドリードから構成されるが、シングルエンドのリードだけでは、de Bruijnグラフをもつ…

バクテリアをstrainレベルで検出する StrainSeeker

病原性細菌の検出には、細菌病原体を迅速に同定する必要がある。このために、通常、病原体は単離され、PCRや全ゲノム配列が行われる。分子タイピングの主な目標の1つは、病原体をクローン群に分類することである。なぜなら、同じ種の系統は宿主に対して大き…