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2019 2/26 誤字修正 プラスミドは、自律的複製および接合が可能な環状または線状の二本鎖DNA分子である。プラスミドは生命の３界すべてに記述されている（Antipov et al、2016）。細菌プラスミドは、ヒトに有毒な多剤耐性細菌の急速な増加に寄与しているホス…
2019 4/25 誤字修正 2019 7/6 インストール追記 微生物の生態学に関する研究は、微生物の単離と培養が困難であることによるボトルネックを経験することが普通である（論文より Staley＆Konopka、1985）。実験室環境でほとんどの生物を培養することの困難さの…
以前の世代と比較して、第3世代シークエンシング（以後 3GS）は5〜120 kbのリードを得ることができる。しかし、現時点で報告されているエラー率はPacBioシークエンシング（論文より Koren et al、2012）で約15％、オックスフォードナノポア配列決定（Laver e…
ゲノムのde novoアセンブリの一般的な方法は、de Bruijnグラフ（論文より Compeau、Pevzner＆Tesler、2011）の構築に基づく。最も単純なケースでは、グラフはシングルエンドリードから構成されるが、シングルエンドのリードだけでは、de Bruijnグラフをもつ…
病原性細菌の検出には、細菌病原体を迅速に同定する必要がある。このために、通常、病原体は単離され、PCRや全ゲノム配列が行われる。分子タイピングの主な目標の1つは、病原体をクローン群に分類することである。なぜなら、同じ種の系統は宿主に対して大き…
