macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Overlap-layout-consensus (OLC)

Pacbioシーケンシングリードのオーバーラップ検出感度を改善する GroupK

リード長の増加により、第3世代のシークエンシングでゲノムアセンブリのギャップを埋め[ref.1, 2]、構造の変化を明らかにし[ef.13]、トランスクリプトームシークエンシングで遺伝子アイソフォームをより正確に定量できるようになった[ef.14]。さらに、ロング…

効率的なロングリードとロングリードのアライナー/オーバーラッパー BELLA

最近のシークエンシング技術の進歩により、これまで以上に大規模なゲノムデータにアクセスしやすくなり、ゲノム構造およびその種間および種内での多様性の特性評価が可能になった。シーケンシング後のデータの分析は困難な作業である。ハイスループットシー…

Oxford Nanoporeリードのアセンブリ smartdenovo

SMARTdenovoは、PacBioおよびOxford Nanopore(ONT)データ用の新しいアセンブラ。 エラー訂正なしでリードをアライメントしてアセンブリを生成する。 SMARTdenovoはいくつかの独立したコマンドラインツールで構成されている:rawリードのall vs allのアライ…