macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Microbiome (Journal)

メタゲノムのファージ配列分析webサーバー VirMiner

2019 6/15 誤字修正 ウイルスは、それらの恒常性および進化に寄与する微生物群集の必須の構成要素である。ヒトの腸内細菌叢のウイルス群集はバクテリオファージが支配的である[ref.1]。ファージは遺伝子水平伝播(HGT)[ref.2]によって細菌群集の構造と機能…

推定antibiotic resistance genes を予測するDeepARG

抗生物質耐性は緊急かつ高まる世界的な公衆衛生の脅威である。抗生物質耐性による死亡者数は、2050年までに年間1000万人を超え、世界中で約100兆米ドルかかると推定されている[ref.1-3]。抗生物質耐性は、通常、バクテリアが抗生物質への曝露から生き残ると…

メタゲノムのraw fastqからantibiotic resistance genesを再構成する fARGene

2019 5/20 関連ツール追記 抗生物質耐性菌による感染は世界的に増加しており、公衆衛生に大きな脅威をもたらしている[ref.1]。抗生物質耐性は細菌種の固有の特性である場合があるが、その臨床的意味において、それは既存の染色体DNAの突然変異によって、また…

メタゲノムbinsからHGTを検出する MetaCHIP

非培養微生物のゲノム再構築(ビニング)は、微生物群集DNA(メタゲノムDNA)の包括的なシーケンシングおよび新規の計算手法により最近になって実現可能になった[ref. 1-3]。再構成されたゲノムビンは、以前には特徴付けられていなかった微生物群の生化学…

MetaMeta

現在、環境サンプルをcharacterizeすることを目指して、ますます多くのメタゲノム分析ツールが利用可能になっている[論文より ref.1,2,3,4]。Whole metagenome shotgun (WMS)シーケンシングテクニックから生成される大量のデータにより動機づけられたメタ…

メタゲノムデータをbinningして出力可能なGUIアプリ VizBin

VizBinはメタゲノムデータをレファレンスに依存せずにbinnigする手法。5-merの配列 をオリゴヌクレオチドの頻度として計算し、其の頻度からアセンブルデータを分類する。最終的に2次元のPCAプロットとしてビジュアル化してくれる。どこからどこまでを1つの…