非培養微生物のゲノム再構築（ビニング）は、微生物群集DNA（メタゲノムDNA）の包括的なシーケンシングおよび新規の計算手法により最近になって実現可能になった［ref. 1-3］。再構成されたゲノムビンは、以前には特徴付けられていなかった微生物群の生化学…

メタゲノムbinsからHGTを検出する MetaCHIP

現在、環境サンプルをcharacterizeすることを目指して、ますます多くのメタゲノム分析ツールが利用可能になっている[論文より ref.1,2,3,4]。Whole metagenome shotgun （WMS）シーケンシングテクニックから生成される大量のデータにより動機づけられたメタ…

MetaMeta

VizBinはメタゲノムデータをレファレンスに依存せずにbinnigする手法。5-merの配列 をオリゴヌクレオチドの頻度として計算し、其の頻度からアセンブルデータを分類する。最終的に２次元のPCAプロットとしてビジュアル化してくれる。どこからどこまでを１つの…

メタゲノムデータをbinningして出力可能なGUIアプリ VizBin