Microbiome (Journal)
2020 7/26 更新完了 メタゲノミクスは、微生物とその生物学的、生物医学的、地球化学的プロセスへの関与の研究に革命をもたらしており、事前の培養を必要とせずに、膨大な数の生物を直接シーケンスして調査することが可能になっている。単細胞真核生物は、主…
細菌や古細菌に感染するウイルスは世界的に豊富であり、ほとんどの環境で宿主の数を上回っている [ref.1,2,3]。ウイルスは、感染時に宿主細胞の代謝状態を再プログラムすることができる義務的な細胞内病原性遺伝要素であり、多様な環境下で毎日20～40％の微…
薬剤耐性（AMR）は、感染症を予防および治療する能力を損ない、世界的な公衆衛生の脅威になる[ref.1]。現在、抗生物質耐性による世界中の年間死亡者数は、2050年までに1,000万人を超えると推定されている[ref.2]。これに対応して、多くの国内および国際機関…
2019 6/26 誤字修正 メタゲノミックショットガンシークエンシングは、関心のある微生物混合群からDNAを抽出し、無作為に抽出されたDNAをディープシーケンシングする。これは、特定の標的遺伝子領域が増幅およびシーケンシングされるマーカー遺伝子シーケンシ…
2019 6/15 誤字修正 ウイルスは、それらの恒常性および進化に寄与する微生物群集の必須の構成要素である。ヒトの腸内細菌叢のウイルス群集はバクテリオファージが支配的である[ref.1]。ファージは遺伝子水平伝播（HGT）[ref.2]によって細菌群集の構造と機能…
2019 7/5 dockerタグ修正 2019 9/25 インストール追記 抗生物質耐性は緊急かつ高まる世界的な公衆衛生の脅威である。抗生物質耐性による死亡者数は、2050年までに年間1000万人を超え、世界中で約100兆米ドルかかると推定されている[ref.1-3]。抗生物質耐性は…
2019 5/20 関連ツール追記 抗生物質耐性菌による感染は世界的に増加しており、公衆衛生に大きな脅威をもたらしている[ref.1]。抗生物質耐性は細菌種の固有の特性である場合があるが、その臨床的意味において、それは既存の染色体DNAの突然変異によって、また…
非培養微生物のゲノム再構築（ビニング）は、微生物群集DNA（メタゲノムDNA）の包括的なシーケンシングおよび新規の計算手法により最近になって実現可能になった［ref. 1-3］。再構成されたゲノムビンは、以前には特徴付けられていなかった微生物群の生化学…
現在、環境サンプルをcharacterizeすることを目指して、ますます多くのメタゲノム分析ツールが利用可能になっている[論文より ref.1,2,3,4]。Whole metagenome shotgun （WMS）シーケンシングテクニックから生成される大量のデータにより動機づけられたメタ…
2019 7/5文章修正 VizBinはメタゲノムデータをレファレンスに依存せずにbinnigする手法。テトラヌクレオタイド頻度情報を使いアセンブルデータを分類する。最終的に２次元のPCAプロットとしてビジュアル化してくれる。どこからどこまでを１つの生物として抽…
