macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Mate Pair

高速かつ様々なプロファイルに対応可能な、次世代シークエンシングデータの次世代のシミュレーター NGSNGS

シークエンシングの世代が変わるにつれてDNAシークエンサーの性能が急速に向上し、生成されるデータ量も増加した。この進化は、新しいバイオインフォマティクスの手法にもつながっており、モデルの精度やゲノム解析パイプラインの頑健性を検証する際に、in s…

高効率なカバレッジ計算ツール BamToCov

2022/02/25 論文引用 多くのゲノミクスアプリケーションでは、リファレンスのヌクレオチドカバレッジを計算したり、リファレンス領域に何本のリードがマッピングされているかをカウントしたりする必要がある。本発表では、BamToCovを紹介する。このツールは…

mate-pairs、10x Genomics のbarcoded_pair、ロングリードにも対応したメタゲノムアセンブラ MetaPlatanus

2021 6/18 コマンドの間違い修正 2021 9/28 論文引用 2021/10/21 ツイート追加 HPより メタゲノムデータをデノボで組み立て、配列をクラスタリングすることで、未培養生物を含む複数のドラフトゲノムを構築することができる。この目的のために、本著者らは以…

in silico mate-pairシーケンシングによってde novo アセンブリ改善を試みる cross-species-scaffolding

10/5 3stepコマンドの誤り修正 及びコマンド変更、コメント追加 正確で完全でアノテーションのついたゲノムは、種や個体の過去、現在、未来に関する豊富な情報を提供するため、医療や生物学の研究にとって非常に貴重なリソースとなっている[論文より ref.1]…

Nextera Mate Pair protocolのジャンクションプライマー除去ツール NxTrim

イルミナはmate pairシーケンスのキットも販売している。このプロトコルではNextraのトランスポゾンでタギングしたゲノムをセルフライゲーションさせて離れた配列を近づける。そのため中央にジャンクション配列が残る(図1 赤の配列)。NxTrimはそのジャン…