macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Marine Metagenomics

EMBL-EBIのMGnifyのアップデート

MGnifyプラットフォーム(https://www.ebi.ac.uk/metagenomics)は、微生物由来の核酸配列のアセンブリ、解析、保存を容易にする。このプラットフォームでは、メタバーコード、メタトランススクリプトーム、メタゲノムなど、様々な環境由来のデータセットを…

海洋環境ゲノムをマイニングするためのオンラインサービス The Ocean Gene Atlas v2.0

Tara Oceansの海洋メタゲノムやメタトランスクリプトームのような大規模データリソースを用いて遺伝子の生物地理に関する仮説を検証するには、多大なハードウェアリソースとプログラミングスキルが必要になる。今回リリースされた「Ocean Gene Atlas」(OGA2…

メタゲノムの分類学的プロファイリングを行う mOTUs3

2022/09/07 誤字修正、オプション追記, 10/17 インストール手順修正 2022/12/18 論文引用 2024/02/05 追記 分類学的プロファイリングは、生物試料中の微生物の相対的な存在量を検出・定量することを目的としたマイクロバイオーム研究の基本的なタスクである…

メタゲノム解析のための自動化されたワークフロー MAGNETO

2022/06/17 誤字修正 メタゲノム-アセンブルゲノム(MAG)は、メタゲノムデータから回収された個々のゲノムを表す。MAGは、未培養微生物のゲノム多様性の解析や、自然環境における機能・代謝の可能性を明らかにするために非常に有用である。近年の計算機開発…

模擬微生物コミュニティとそのアンプリコンシークエンシングリードを発生させるための多機能ソフトウェア M&Ms

シーケンシング技術の進歩に伴い、16S rDNAシーケンスデータの解析を目的とした多くのバイオインフォマティクスツールが開発されている。これらのツールをテストするためには、異なる環境からのサンプルに類似したデータセットをシミュレートすることが重要…

(海洋)メタゲノムを原核生物、真核生物、ウイルスに分類する DeepMicrobeFinder

配列の分類は、メタゲノムの複雑さを軽減し、メタゲノムサンプルの構成を基本的に理解するために有効である。しかし、ほとんどの自然環境におけるメタゲノムは、原核生物、真核生物、そしてその両方のウイルスを含む複数の配列ソースから得られているため、2…

深層学習に基づく真核生物配列の分類ツール Tiara

多くのメタゲノムデータが利用可能になるにつれ、真核生物のメタゲノム解析が新たな課題として浮上してきた。真核生物の核およびオルガネラのゲノムを適切に分類することは、真核生物の多様性をより深く理解するために不可欠なステップである。 メタゲノムデ…

公開メタゲノムに対する高速なアミノ酸配列の類似性検索サービス PZLAST

公開されているメタゲノムデータに対するアミノ酸配列の類似性検索は、類似配列の環境分布に基づいて、配列の機能に関する洞察をユーザーに提供することができる。しかし、公開されているメタゲノムデータに対して配列の類似性検索を行うには、テラバイト以…

マイクロバイオーム解析リソース MGnify

マイクロバイオームの研究には、通常、特定の環境(biomeとして知られている)からの微生物の集合的な遺伝物質の研究が含まれる。この多様で拡大している研究分野(バイオーム、方法、科学的質問の幅の観点から)は、世界の海洋の深海水と堆積物(1〜3)から…

メタゲノムの生合成遺伝子クラスター予測と多様性評価を行う BiG-MEx

微生物は、特殊な代謝経路の酵素をコードする物理的にクラスタ化された遺伝子である生合成遺伝子クラスター(BGC)を発現することにより、膨大な種類の天然物を生産している。これらの天然物は、工業的・医学的利用価値の高い幅広いケミカルクラス(アミノグ…

メタゲノムのアセンブリ配列からファージやプラスミドを予測する PPR-Meta

Mobile genetic elements(MGE)として知られるファージとプラスミドは、原核生物や真核生物の間で遺伝情報を交換するとともに、水平遺伝子伝達(HGT)の主要な参加者である[ref.1]。そのようなエレメントは、宿主と相互作用することによって微生物群集を調…

メタゲノムをアセンブルする metaSPAdes

メタゲノムシーケンシングは、細菌集団の分析ならびに新規な生物および遺伝子の発見のための選択技術として浮上している(Tyson et al, 2004、Venter et al, 2004、Yooseph et al, 2007、Arumugam et al, 2011)。初期のメタゲノミクス研究の1つにおいて、Ve…

メタゲノムの既知および未知バクテリアの存在量を推定single-copy phylogenetic marker genesに基づいて見積もる mOTUs2

2019 4/26 mergeエラー修正及び追記 2019 7/2 インストール追記 2019 8/6 リンク追加 2020 4/18 condaインストール追記 2020 8/24 インストール 追記 微生物は、地球上の生命や環境中の地球化学的プロセスに影響を与える、相互作用する種の複雑な共同体に住…

machine leraningも併用するmetagenomeのビニングツール Autometa

2019 4/22 誤字修正 2019 5/6 リンク追記 2019 6/23 ランのstep1,2 の説明修正 2019 9/25 step1のフラグの誤り修正 微生物は、人間を含む地球上のほとんどすべての生物に繋がることが知られており、そこでは微生物は健康、病気および農業に多大な影響を与え…

タンパク質を使って高感度にメタゲノムのtaxonomy assignmentを行う kaiju

2018 10/7 タイトル修正 、11/20 conda追加、12/12 テスト追記 2019 4/26 データベース追記 2022/06/25 help更新, 2033/09/26 コマンドの一部更新 ランダムDNAショットガンシーケンシングを使用すると、実験室培養を必要とせずに環境サンプルから全ゲノムDNA…