macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Hi-C

(vertebrateなどの) ラージゲノムをアセンブルするためのパイプライン CSA

脊椎動物ラージゲノムの全ゲノムショットガン(WGS)アセンブリは、過去20年間のバイオインフォマティクス研究の重要なテーマだが、脊椎動物の大型ゲノムについては、単一のバイオインフォマティクスツールを用いて完全にアセンブリされた染色体を得ることは…

pyGenomeTracks

2020 8/4 論文引用追加 出版可能な品質の複数のゲノムトラックを表示するプロットの生成は深刻な課題となる。望ましい正確な数値を作成するには、かなりの労力が必要である。これは通常、手作業で、またはベクターグラフィックソフトウェアを使用して行われ…

ラージゲノムにも対応した高速に動作するリファレンスガイドアセンブリツール RaGOO

2019 2/12スライド追加 2019 10/29 インストール方法修正、論文引用とtwitter追記 2019 10/30 コマンド微修正 2019 11/5 コマンド記載ミス修正 2019 3/24 コマンド記載ミス修正 Oxford Nanopore TechnologiesとPacific Biosciencesによって商品化されたロン…