macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Genome Research

CheckMのplotコマンド

checkmのゲノムアセンブリ評価コマンドについて以前紹介した。 ここでは、タイトルの通りCheckMのplotコマンドについて簡単に紹介する。このコマンドはbinningして得た一連のbinned.fastaのディレクトリに対して実行でき、ラフに各binを評価することができる…

アセンブリグラフから二次代謝産物生合成遺伝子クラスターを再構築する BiosyntheticSPAdes

微生物ゲノムまたはメタゲノムをアセンブリするための多くのツールが存在するが(Simpson et al、2009、Li et al、2015、Nurk et al、2017)、それらはすべて反復ドメインを有するタンパク質をコードする長い遺伝子を含むコンティグに関して限界がある。長い…

CAP3

備忘録を兼ねて紹介します。論文はこれまで5000回以上引用されています。 CAPシーケンスアセンブリプログラムの第3世代について説明する。 CAP3プログラムには多くの改良と新機能が含まれている。 プログラムは、5 'および3'の低品質のリード領域を切り取…

metaplasmidSPAdes

2019 6/7 出力例 プラスミドは、それらの生存および適応にとって重要なさらなる遺伝物質を細菌宿主に提供するクロモソーム外に独立して複製されるDNA分子である。シーケンシング時代より昔は、抗生物質耐性または難治性有機化合物を分解する能力など、それら…

viral quasispeciesのアセンブリを行う SAVAGE

2019 5/20 誤字修正、コメント、ヘルプ追加 HIV、Zika、Ebolaなどのウイルスは、一般的にウイルス準種(viral quasispecies, wiki)と呼ばれる、遺伝的に関連しているが異なる変異株の集団として宿主に存在する。それぞれ独自のハプロタイプ配列によって特徴…

metaSPAdes

メタゲノムシーケンシングは、細菌集団の分析ならびに新規な生物および遺伝子の発見のための選択技術として浮上している(Tyson et al, 2004、Venter et al, 2004、Yooseph et al, 2007、Arumugam et al, 2011)。初期のメタゲノミクス研究の1つにおいて、Ve…

HINGEアセンブラ

ゲノムアセンブリは数十年にわたり計算生物学の中心的課題であったが、最近のロングリードシーケンス技術の出現で、完全なアセンブリを自動入手するという目標を達成している。しかし、リピートを確実に解決するために、エラーが頻繁に発生するリードに存在…

メタゲノムのリードの系統アサインメントを行う Centrifuge

2019 1/17 タイトル修正 2019 4/16 condaインストール 2019 4/19 ダウンロード方法追記 2019 5/9 パラメータ追記 2019 5/13 test追加 アーキアやバクテリアなどの微生物は、土壌や海洋から温泉や深海に至るまで、事実上あらゆる場所で発見されている(Keller…

ロングリードのドラフトアセンブリからコンセンサス配列を出力する Racon

2018/12/21 anacondaとtwitterリンク追記 リンクミス修正 2019 3/6 minimap2に変更 2019 6/12 関連ツール追記 2019 6/13 関連ツール追記 2019 7/23 コードエラー修正、ショートリード使用例追記 2019 7/24 ループ用スクリプト追加、解析例追加、help更新 201…

ABySS 2.0

ABySS1.0はヒトゲノムのアセンブルも可能であったが、SOAPdenovoなどと同様600GB以上のメモリを必要とするなどコンピュータ負荷が高い問題があった。AByss2.0は一桁以上メモリ要求量を減らし、より効率的にアセンブルが行えるように工夫された。論文中でヒト…

メタゲノムからビニングしたゲノムが完全か、またコンタミがあるか評価する CheckM

2018 10/7 文章訂正 2018 10/12 dockerコンテナを使ったランの流れ追加 2019 4/11 dockerを使ったランで表も保存するよう修正 2019 6/16 インストール追記 2019 11/28 インストール追記、データベース作成の流れを修正 201 912/6 バージョンアップ追記 ドラ…

ゲノム比較 x 変異コール x ビューア を統合したGUI(CUI)ツール Mauve

mauveはよく似たゲノムのアライメントを行い、その結果を見やすいビューアで表示して比較できるソフトである。Mac、windows、Linux版が用意されており、無償でダウンロードできる。 ダウンロードは公式サイトから行う。 the Darling lab | computational (me…

Oxford nanoporeやpacbioのロングリードのアセンブリツール canu

2018 10/23 追記 2019 1/16 追記5 2019 3/16 bioconda追記6、canu -hヘルプ追記 2019 3/18 追記7 2019 4/12 追記8 dcokerリンク追加 2019 5/14 追記8リンク追加 2019 8/4 説明追加 2019 8/14 リンク追加 2019 11/5 canu v1.9 updateのお知らせtwitter追加 20…