macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Genome Research

ロングリードのドラフトアセンブリからコンセンサス配列を出力する Racon

Pacific Biosciences(PacBio)およびOxford Nanopore Technologies(ONT)のロングリードシーケンシング技術の出現により、高いcontiguityを有するゲノムアセンブリを生産する能力は著しい進歩を遂げた。しかし、これらの技術の比較的高いエラー率(> 5%)…

ABySS 2.0

ABySS1.0はヒトゲノムのアセンブルも可能であったが、SOAPdenovoなどと同様600GB以上のメモリを必要とするなどコンピュータ負荷が高い問題があった。AByss2.0は一桁以上メモリ要求量を減らし、より効率的にアセンブルが行えるように工夫された。論文中でヒト…

メタゲノムからビニングしたゲノムが完全か、またコンタミがあるか評価する CheckM

2018 10/7 文章訂正 2018 10/12 dockerコンテナを使ったランの流れ追加 ドラフトゲノムからゲノムの完全さを正確に見積もるには、ゲノムの完全さと汚染の度合いの正確な推定が必要となる。そのための方法として、一般にすべての細菌または古細菌ゲノムにわた…

ゲノム比較 x 変異コール x ビューア を統合したGUI(CUI)ツール Mauve

mauveはよく似たゲノムのアライメントを行い、その結果を見やすいビューアで表示して比較できるソフトである。Mac、windows、Linux版が用意されており、無償でダウンロードできる。 ダウンロードは公式サイトから行う。 the Darling lab | computational (me…

Oxford Nanoporeリードのアセンブリ canu

1分子ロングリードシークエンシングはデノボゲノムアセンブリに革命をもたらし、参照品質ゲノムの自動再構成を可能にした。しかしながら、そのような技術の比較的高いエラー率を考慮すると、大きなリピート配列および密接に関連するハプロタイプの効率的かつ…