macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

GPU

GuppyのGPU版を使う

2020 7/23 モニターコマンド追記 タイトルの通り、GuppyのGPU版を使うまでの流れをまとめておきます。 ubuntuへのインストール 1、Nvidia GPU driverのインストール #レポジトリの追加sudo add-apt-repository ppa:graphics-drivers/ppa sudo apt update#NV…

ニューラルネットワークを使ってONTのロングリードの低クオリティ領域を除く MiniScrub

Pacific Biosciences [ref.1]やOxford Nanopore [ref.2]のような企業のシーケンシング技術がゲノムアセンブリ[ref.1]、[ref.10]、抗菌剤耐性遺伝子[ref.18]、個人用トランスクリプトームシーケンシング[ref.19]、およびドラフトゲノム[ref.20]の改善に寄与し…

ディープCNNによってONTのバーコーディングロングリードをdemultiplexingするdeepbinner

Multiplexing(バーコード)は、ハイスループットDNAシーケンス能力を複数のサンプルに分散させるために使用される一般的な方法である[ref.1]。各入力DNA試料について、独自のバーコードがシーケンシング用に調製されたDNA分子のライブラリーに組み込まれる…

Nanoporeのオフィシャルコマンドラインbasecaller2 Guppy - CPU版について

2019 3/12 タイトル修正 2019 3/12 コマンド追記、誤ったコメント削除 2020 1/19 GPU版のリンク追記 2020 5/4 3.6ツイート追記 GPU版 2020 3/13 構成を微修正、タイトル変更 20200 7/15 guppy v4.0.11 I got back into some @nanopore sequencing data I had…