macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

GPU

ニューラルネットワークを使ってONTのロングリードの低クオリティ領域を除く MiniScrub

Pacific Biosciences [ref.1]やOxford Nanopore [ref.2]のような企業のシーケンシング技術がゲノムアセンブリ[ref.1]、[ref.10]、抗菌剤耐性遺伝子[ref.18]、個人用トランスクリプトームシーケンシング[ref.19]、およびドラフトゲノム[ref.20]の改善に寄与し…

ディープCNNによってONTのバーコーディングロングリードをdemultiplexingするdeepbinner

Multiplexing(バーコード)は、ハイスループットDNAシーケンス能力を複数のサンプルに分散させるために使用される一般的な方法である[ref.1]。各入力DNA試料について、独自のバーコードがシーケンシング用に調製されたDNA分子のライブラリーに組み込まれる…

Nanoporeのオフィシャルコマンドラインbasecaller2 Guppy(GPU対応版もあり)

2019 3/12 タイトル修正 2019 3/12 コマンド追記、誤ったコメント削除 GuppyはOxford Nanoporeによって提供されているコマンドラインのbasecaller。 そしてポアを通過するDNAまたはRNAをbasecallingするために最新のリカレントニューラルネットワークアルゴ…