macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

GC

コンタミやダメージを考慮してAncient DNAのシーケンシングリードをシミュレートする gargammel

Ancient DNA(aDNA)とも呼ばれるsubfossilsから回収されたDNAは、populationの歴史を再構築するためにますます使用されている(Leonardi et al、2016)。しかし、下流の推論に影響を与える可能性があるいくつかの要因があるため、aDNAデータの分析は依然と…

Nanoporeのシーケンシングリードをマッピングして分析できるwebサーバー nanopipe

近年、技術が絶えず改良され科学者や開業医を含む広範囲の顧客にとって利用しやすいためにDNAシーケンシングブームが起きている。メタゲノミクスから植物生理学、医学まで、多くの分野の研究者が、彼らの研究にシーケンシング実験を実施してきた。 Oxford Na…

前もってGCによりリードを仕分けメタゲノムアセンブリを改善する GCSplit

2019 5/15 タイトル修正、画像追加、コメント追加 メタゲノミクスは、土壌、海、さらには人体のような様々な環境でコミュニティとして共生するバクテリアの集合したDNAを決定することにある[論文より ref.1-3]。ある意味では、メタゲノミクスの分野は、科学…

K-mer分析ツール KAT

2019 5/15 リンク、condaインストール追加 2019 5/16 タイトル修正 ハイスループットの全ゲノムショットガン(WGS)データセットの迅速な解析は、大きなサイズが生み出す複雑さのためにチャレンジングである(Schatz et al、2012)。 WGSデータを分析するた…

somaticやmixed tumorのSNPsやSVをシミュレートする Pysim-sv

構造変化(SV)はドナーゲノムの構造変化をもたらすゲノム変異である。Indels、コピー数変動(CNV)およびゲノム再編成はすべてSVのサブクラスである。多くの研究は、SVが正常なヒト集団[論文より ref.1,2]ならびに癌ゲノム[ref.3-5]において広く広がってい…

GCbiasを考慮したイルミナのシミュレーター ArtificialFastqGenerator

ArtificialFastqGeneratorはカバレッジGCバイアスを考慮可能なNGSリードのシミュレーター。イルミナのペアードエンドfastqに対応している。 比較表 Biostars https://www.biostars.org/p/124126/ ダウンロード javaの実行ファイルがダウンロードできる。 htt…