Frontiers in Microbiology
2018
BMC Genomics
multiple sequence alignment (MSA)
ゲノム比較 (comparative genomics)
pan-genome
SNV
orthologue
web tool
結果の可視化 (visualization)
windowsツール
Frontiers in Microbiology
tree
2019 7/21追記 2019 10/2 コードエラー修正 "PGAP-X: extension on pan-genome analysis pipeline"より パンゲノムの概念は2005年に提案されて以来[ref.1、2]、過去10年間でバクテリアゲノムの進化と動態を調査するために急速に採用されてきた[ref.3、6]。最…
2018
Frontiers in Microbiology
生物種の推定 (taxonomic profiling)
metagenome
metatranscriptome
Nanopore long read
リアルタイム解析
off-line
automated pipeline
assembly
Binning (metagenomics)
taxonomic assignment
シーケンシング技術の改良によりメタゲノムシーケンシングが一般化し、メタゲノムシーケンシングがマイクロバイオームの構造および機能性を分析するための標準的な手順となった。メタゲノム実験によって生成された膨大な数のショートリード配列に対処するた…
2017
Frontiers in Microbiology
web tool
Pathogen
bacteria
genotype
clinical and diagnostic
結果の可視化 (visualization)
系統解析
trimming / preprocessing
SNP
生物種の推定 (taxonomic profiling)
生物のゲノムDNAは生物学的にfunctionalな遺伝情報を持っている。生物の全ゲノム配列を解読することは、複雑な生物学研究における基本的なタスクである。以前は、完全なバクテリアゲノム配列を解読するために従来のサンガーシーケンシングが使用されていた。…
結果の可視化 (visualization)
metagenome
annotation
contamination
Binning (metagenomics)
2015
Frontiers in Microbiology
ほとんどの環境微生物が難培養性であることを考えると、microbial ecologyの分野では、metagenomicsは全コミュニティの機能を調べる手段に由来していた（論文より Handelsman、2004; Kunin et al、2008; Teeling and Glockner、2012）。研究者は、微生物群全…
