macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Briefings in Bioinformatics

tumor heterogeneityを見積もるGenoClone

腫瘍の進化は、連続的な体細胞変異とダーウィン的な自然淘汰によって引き起こされるクローン増殖の反復過程である[ref.1、2]。したがって腫瘍は、腫瘍内異質性と呼ばれる顕著な異なる細胞集団(「サブクローン」と呼ばれる)で構成されている。腫瘍サンプル…

スモールゲノムを可視化したり、複数ゲノムを比較して似た領域、異なる領域を可視化できる Gview

グラフィックなゲノムマップは、ゲノムの特徴および配列の特徴を評価するために広く使用されている。 CGView(Circular Genome Viewer)ソフトウェアファミリーは、バクテリア、オルガネラ、ウイルスのゲノムマップを生成するためのツールの人気のあるコレク…

web上でマルチプルアライメントを実行し分子系統樹を出力する MAFFT online service

2019 10/30 引用追加 Multiple sequence alignment (MSA)は、biological sequencesの比較分析において重要なステップである。著者らは、MAFFT [論文より ref.1、2]を使用してウェブ上のMSAを計算するためのオンラインサービスを提供する。 MAFFTには、何千…