macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

BMC Genomics

Viral populations分析パイプライン Vipie

臨床試料中の全ウイルス量を研究し、急性および慢性感染時のウイルスquasispeciesの進化を評価する要求が高まっているため、Viromeメタゲノミクス研究分野は急速に増加している。Virome sequencing 技術の応用は、感染症研究だけでなく、主として非感染性条…

cGOF-assisted アセンブリパイプライン GAAP

次世代シークエンシング(NGS)技術は、近年では数万の原核生物ゲノム配列を生成し、原核生物のゲノム研究を大いに促進している。cost-effectiveで、カバレッジが高いので高品質の信頼できるデータが生成できる。しかしながら、原核生物の完全なゲノム配列の…

phylogenetic marker genesを検出し、marker genes全てを使って系統樹を作成する自動化パイプライン ezTree

メタゲノミクスおよびシングルセルゲノミクスは、様々な環境からの新規生物の発見および調査のための有望な方法として確立されている。 "microbial dark matter"という用語は、培養できない、微生物コミュニティからシーケンシングすることのみで研究される…

バクテリアゲノムアノテーションツール間の注釈を自動比較する BEACON

ゲノムアノテーションは、ゲノム配列中の異なるセグメントの機能を同定して示すために使用され[ 論文より ref.1 ]、多くの下流ゲノム解析の基礎となっている。 真核生物[ref. 2 ]および原核生物[ref. 3 ]のためのいくつかのアノテーション手法(AM)が開発さ…

ウィルスコミュニティを検出する viromescan

ウイルスは常にヒトの体に生息している [論文よりref.1]。細菌および真菌のように、ある種のウイルスは、ヒト免疫の調節にとって重要な低レベルの免疫応答を刺激し得るが、代謝ホメオスタシスもまた刺激し得る。これに関して、FoxmanとIwasaki [ref.4]は、一…

トランスポゾン検出ツール6 Tangram

Tangramはトランスポゾンの検出に特化した構造変化検出ツール。SV検出で用いられるread-pairとsplit-readのアルゴリズムを使い高感度にトランスポゾンを検出する。1000ゲノムでもmobile element検出ツールとして用いられた。トランスポゾン検出ツールは様々…

バクテリアなどのスモールゲノムの比較結果を可視化する BRIG

2018 9/22 タイトル修正 BRIG(BLAST Ring Image Generator)はゲノム比較のためのツール。blast(blastn、blastp、blastxなど選択可能)を行い、ホモロジー解析結果をリング状の図に出力することができる。ゲノムサイズは20Mまで対応しているらしい。javaの…

バクテリアのIS検出ツール IS_mapper

見つけたいIS配列や抗生物質耐性カセット配列をあらかじめ入力することで、ペアエンド情報を使いISの位置を検出してくれるツール。バクテリア用に設計されており、macbook airなどのlaptopでも高速に動作する。トランスポゾンやマーカー遺伝子でタギングした…

トランスポゾン検出ツール3 Jitterbug

ショートリードのアライメントデータから、トランスポゾン挿入位置を検出するツール。入力はリファレンスにアライメントしたbamファイルで、トランスポゾン配列を準備してアライメントする必要はない。配列の位置がgff3で入力されていればよい。その代わりに…

CGView Comparison Toolによるバクテリアのゲノム比較 インストール編

CGView Comparison ToolはStothardの研究グループが公開しているバクテリアやプラスミドのゲノム比較ツール(以下CCT)である。複数ゲノムを比較して描画する機能を持つ。以下のような美しい図が簡単なコマンド指定だけで描ける。 比較ゲノム結果をビジュア…