macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2011

バクテリアなどのスモールゲノムの比較結果を可視化する BRIG

2018 9/22 タイトル修正 BRIG(BLAST Ring Image Generator)はゲノム比較のためのツール。blast(blastn、blastp、blastxなど選択可能)を行い、ホモロジー解析結果をリング状の図に出力することができる。ゲノムサイズは20Mまで対応しているらしい。javaの…

VCFを管理、編集する VCFtools

VCFtoolsは、バリアントコールフォーマットのVCFファイルのマージ、ソートやフィルタリング、固有変異の抽出などができるツール。 よく使いそうなコマンドに限って紹介する。 マニュアル https://vcftools.github.io/perl_module.html Github インストール g…

コード領域のアミノ酸配列を考えてマルチプルアライメントを行うMUCSE

塩基配列からコード領域のアミノ酸配列を予測してマルチプルアライメントを行う場合、従来はギャップやミスを補正せず全ての配列をアミノ酸に変換してアライメントを行なっていた。しかしこのような一義的に変換する方法だと、シーケンスエラーや擬遺伝子のs…

タンパク質ドメインを検索する HMMER

HMMERはタンパク質のドメイン検索に使われるツール。Pfamなどのタンパク質ドメインのデータベースを使い、ドメインの検索を行ってアノテーションをつけることができる。ここではhmmscanを試す。 webサーバー https://www.ebi.ac.uk/Tools/hmmer/ マニュアル …

シグナルペプチド切断部位を予測する signalP

SignalPは、タンパク質のシグナル配列の切断部位を予測するツール。商用の解析ソフトCLCにも導入されている。 web server版とローカル版がある。 signalIP4.1 webサーバー http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ web server版は統合TVを参考にしてくださ…

k-mer カウントして、配列も出力するツール jellyfish、BFCounter

k-merカウントを行うjellyfishと、k-merの全配列を書き出すBFCounterを紹介する。 2017.11追記 2018.03 -sフラグ修正 Jellyfish 公式サイト JELLYFISH - Fast, Parallel k-mer Counting for DNA Github https://github.com/gmarcais/Jellyfish マニュアルPDF…