2010
BMC Bioinformatics. 2010 Apr 29;11:213 COBRA（Constraint Based Reconstruction and Analysis）フレームワークに基づくゲノムスケールの代謝再構成は、生物の代謝能力を解析し、実験データを解釈するための貴重なツールである。このような再構成や解析手…
遺伝子予測プログラムVIGOR（Viral Genome ORF Reader）は、2010年にJ.Craig Venter Instituteで開発され、感染症ゲノムシークエンシングセンターのプロジェクトでコロナウイルス、インフルエンザ、ライノウイルス、ロタウイルスの遺伝子コールに成功してい…
次世代シーケンシング技術の進歩は、環境試料（すなわちメタゲノム）内の遺伝物質の全コレクションを直接シーケンシングしようと試みるメタゲノム研究を促進した。メタゲノムアセンブリは利用できないことが多いので（論文執筆時点）、ショートリードから直…
V-Xtractorは、隠れマルコフモデルを使用して、16S/18S rRNAの定義済みの超可変配列セグメント（V1〜V9）を検索、検証、および抽出する。99.6％の検出効率と低い偽陽性感受性により、このツールはデータの信頼性を向上させ、その後のコミュニティアッセイで…
ゲノムの構造変異の同定は、ヒトの遺伝的多様性、進化、ならびに病因を理解する重要なステップである。癌を含む数多くの遺伝病は、構造変異（SV; Futreal et al、2004）と関連している。アレイベースの技術は、SVを検出するための多くの研究において成功して…
cBarは（論文発表当時では）大規模なトレーニングデータを用いて学習されたメタゲノムなどのデータ（FASTA）中の プラスミドゲノムを区別する方法論。５量体頻度（pentamer frequencies）を元に判定を行う。入力はFASTAは配列。 インストール macOSXではビル…
2019 9/29 help追加 2019 9/30 fastaへの変換コマンド追加 相同な配列をクラスタリングするツール。相同性の下限値を指定してランすると、閾値以上の相同性を持った塩基配列をまとめてくれる。CD-HIT-ESTより高速に動作するとされる。 ダウンロード (linux, …
2019 5/8 インストール追記 ProdigalはDynamic Programmingの方法論により効率的にバクテリアやアーキアの遺伝子を探すツール。既存の方法は様々存在するが、本手法はまずインプットゲノムを分析してモデルを構築し、それから遺伝子を予測することで、false …
追記 bedgraph出力 2019 9/4 インストール、twitterリンク追加 BEDファイルのオーバーラップ領域を抽出したり、マージしたりできるツール。BED以外にGFF、VCFも扱うことができる。bedtools <command> -a .bed -b .bedという使い方が基本。-aで指定したbedを-bで指定し</command>…
2019 4/30 インストール方法修正 発現が負の二項分布に従うと仮定した検定法。正規化はTMMで行う。FPKM/RPKM補正のcufflinksより正しくDEGの検出ができる検定法とされる。詳細は門多先生のスライドやdry本の序章の正規化の話を読んでください。以下のマニュ…
2020 5/25 docker link追加、ヘルプ追加、分かりにくい文章の修正 murasakiは複数ゲノムの相同性ある領域の探索を高速に行うツールで、GMVはその比較結果を見るためのビューアソフトである。領域によってカラフルな色がつくので、ゲノムリアレンジメントなど…
2019 6/9 biocondaインストール追記 2021 2/19 曖昧な日本語を修正 ゲノム配列のアラインメントは多くの研究の基礎を成している。ゲノムアラインメントは、さまざまな日常的ではあるが重要な選択、たとえばリピートをマスクする方法や使用するスコアパラメー…
