macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2005

GenBankから配列やアノテーションを取り出すWebサービス FeatureExtract

イントロン/エクソン構造、プロモーター領域の内容、上流域および下流域における他の遺伝子の位置など、DNA配列の特徴のアノテーションに簡単にアクセスできることは、多くの生物学的問題に取り組むことが非常に有益である。たとえば、遺伝子内のイントロン…

リファレンスゲノム情報を使ってcontigをソートし、ギャップクローズのPCRプライマーを自動設計するProjector 2

Projector 2はリファンレンスのゲノムを使い、de novo assemblyで作ったcontigをconcatenateして、さらに隣接したcontigを跨ぐ特異的なプライマーを自動設計して、Finishingを助けるツール。contigの接続の指標となる参照するゲノムはドラフトでも使える。リ…

マルチプルアライメントを行うMAFFT

2019 6/13 説明及びインストール追記 2019 6/21 コマンド微修正 2019 7/3 説明修正 2019 7/15 help追記 2019 9/29 twitter追加 2019 11/4 関連追加 2019 11/13 誤字修正 2019 12/4 MAFFT開発秘話。私が4回生で宮田研に加わった時、まず手動で多重アラインメ…

トランスポゾンなどのリピートをde novoで探す RepeatScout

RepeatScoutはゲノム中のトランスポゾンなどのリピートを探すツール。リピートを見つけると、そのシードを保存性がなくなるまで伸長する戦略をとることで、見つかりにくい長くてやや配列に違いがあるリピートまで探索することが可能とされる(タンデムリピー…

BLAST2GOでアノテーションをつける

basic版をここからダウンロード。インストールが終わったら立ち上げる。 統合TVの説明を参考にした。 BLAST2GOを起動したら、上のメニューからSTART -> Load Sequences -> Broseを選択し読み込むFASTAファイルを選択 -> Openボタンで読み込み。 基本的に左の…

ゲノム比較ビューア Artemis comparison tool (ACT)

2019 2/13 condaインストール追記 Artemis comparison tool (ACT)は2つ以上のゲノムを比較して、塩基配列同一性の高い領域を描画するツール。解析には、比較する生物種ごとのfastaファイルと、遺伝子のアノテーションのgenbankフォーマットなどのファイルが…