macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2005

リファレンスゲノム情報を使ってcontigをソートし、ギャップクローズのPCRプライマーを自動設計するProjector 2

Projector 2はリファンレンスのゲノムを使い、de novo assemblyで作ったcontigをconcatenateして、さらに隣接したcontigを跨ぐ特異的なプライマーを自動設計して、Finishingを助けるツール。contigの接続の指標となる参照するゲノムはドラフトでも使える。リ…

マルチプルアライメントを行うMAFFT

MAFFTはマルチプルアライメントを行うツール。t-coffeeやclustal omegaより高速に動作するとされる。HPに数百のrRNA配列に対してマルチプルアライメントを実行する例が載っている。 公式ページ クイックマニュアル Manpage of MAFFT Tips https://mafft.cbrc…

トランスポゾンなどのリピートをde novoで探す RepeatScout

RepeatScoutはゲノム中のトランスポゾンなどのリピートを探すツール。リピートを見つけると、そのシードを保存性がなくなるまで伸長する戦略をとることで、見つかりにくい長くてやや配列に違いがあるリピートまで探索することが可能とされる(タンデムリピー…

BLAST2GOでアノテーションをつける

basic版をここからダウンロード。インストールが終わったら立ち上げる。 統合TVの説明を参考にした。 BLAST2GOを起動したら、上のメニューからSTART -> Load Sequences -> Broseを選択し読み込むFASTAファイルを選択 -> Openボタンで読み込み。 基本的に左の…

ゲノム比較ビューア Artemis comparison tool (ACT)

Artemis comparison tool (ACT)は2つ以上のゲノムを比較して、塩基配列同一性の高い領域を描画するツール。解析には、比較する生物種ごとのfastaファイルと、遺伝子のアノテーションのgenebankフォーマットなどのファイルが必要(遺伝子は任意)。ACTは予め…