macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2000

embossのseqretでFASTAを修復する

FASTAをいじっていると、何らかの拍子に構造がおかしくなってsamtoolsのindexでsegmentation errorを起こすことがある。途中に空行ができていたり、特殊文字が入っていたり、何らかの理由があるわけだが、embossのseqretを使うと簡単に修復することができる…

EMBOSSのmsbarでリファレンス配列に点変異やSVを導入する

EMBOSSパッケージのmsbarを使うと、リファレンスに変異を導入することができる。変異のシミュレーション実験などに使える機能である。 公式サイト http://emboss.sourceforge.net EMBOSS: msbar インストール embossはbrewで導入できる。 brew install embos…

マルチプルアライメントを行う T-Coffee

T-Coffee(Tree based Consistency Objective Function For AlignmEnt Evaluation)はマルチプルアライメントを行うツールである。始めに2つずつ配列を比較し、それから全部の配列を使いマルチプルアライメントを実行する。従来のclustalより高速に動作する…

DNA解析ソフトに近い機能を提供するwebツール集 SMS

SMSは、NGSの登場よりずっと以前から使われているDNA/プロテインの編集や変換ができるツール集である。昔からあるDNA解析ソフトの大半の機能をカバーしている。webサーバー版とオフラインで動くローカル版がある。いずれもhtmlベースで動作する(内部でjava…