macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2000

FASTAを修復するEMBOSSのseqretコマンド

2019 6/19 インストール追記 2019 7/15 タイトル修正 2019 8/7リンク追加 FASTAをいじっていると、何らかの拍子に構造がおかしくなってsamtoolsのindexでsegmentation errorを起こすことがある。途中に空行ができていたり、特殊文字が入っていたり、何らかの…

リファレンス配列に点変異やSVを導入するEMBOSSのmsbar

2019 7/16 タイトル修正 EMBOSSパッケージのmsbarを使うと、リファレンスに変異を導入することができる。変異のシミュレーション実験などに使える機能である。 公式サイト http://emboss.sourceforge.net EMBOSS: msbar インストール embossはbrewで導入でき…

マルチプルアライメントを行う T-Coffee

T-Coffee(Tree based Consistency Objective Function For AlignmEnt Evaluation)はマルチプルアライメントを行うツールである。始めに2つずつ配列を比較し、それから全部の配列を使いマルチプルアライメントを実行する。従来のclustalより高速に動作する…

DNA解析ソフトに近い機能を提供するwebツール集 SMS

2019 8/7リンク追加 SMSは、NGSの登場よりずっと以前から使われているDNA/プロテインの編集や変換ができるツール集である。昔からあるDNA解析ソフトの大半の機能をカバーしている。webサーバー版とオフラインで動くローカル版がある。いずれもhtmlベースで動…