trimming / preprocessing
2020 10/31 インストール追記 2020 11/24 help追記 2021 6/15 コマンド追記 sickleはfastqのクオリティトリミングツール。リード長の0.1倍のウィンドウサイズでリードを分析し、指定値以下のクオリティになった領域をトリムする。Trimmomaticと同様、ペアリ…
2019 5/8 インストールおよびヘルプ追記 2020 12/9 help更新 これまで様々なアダプタートリミングツールが報告されてきている。OMIC toolsで検索すると、2017年6月で35件ヒットする（OMIC toolリンク）。その中でもFastQC、cutadapt、Fastx-toolkitなどはよ…
2020 5/18 インストール手順追記 2024/04/13 追記 PorechopはOXford Nanoporeのリードのアダプタートリミングツール。データベースを保持しており、自動でアダプター配列を認識し除去してくれる。マルチプレックスのidnex配列を除く機能も持つ。 ダウンロー…
