macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

trimming / preprocessing

並列化に対応した高感度なアダプタートリミングツール PEAT

次世代シークエンシング(NGS)プラットフォームでよく知られているシングルエンドシーケンシング技術からmodifyされたペアエンドシーケンシング技術は、ゲノミクスにおいてますます重要な役割を果たしている。 DNA(またはcDNA)断片の2つの鎖の5 '末端を配…

並列化に対応したアダプタートリミングツール AdapterRemoval 2

Fossil material 由来などのごく短いDNA断片のハイスループットシーケンスでは、ライブラリーの調製中にインサートにライゲーションされたアダプター配列をシークエンシングする可能性がある[論文より ref.1]。このような汚染はよく知られた問題であり、下流…

k-merを使ったリードフィルタリングを行う Cookiecutter

2022/02/08 インストール追記 次世代シークエンシング技術は、より安価になり、ルーティンの分析に役立っている。アセンブリの前に未処理のリードから特定のシーケンスを抽出または削除することを必要とする多くのタスクがある。抽出された領域特異的なリー…

ロングリードのクオリティ分析とトリミングを行う Filtlong

#2022/04/20 追記 FiltlongはONTのロングリードのクオリティ分析やクオリティ、リード長のトリミングが行えるツール。ウルトラロングリードを低クオリティ領域でカットして、分割出力する機能も備える。2018年4月現在Githubで公開されている。 インストール …

トリミングツール fqtrim

fqtrimは、アダプター、polyA tail、未知塩基(Ns)および低クオリティな3 '領域をトリミングできる多目的トリミングツール。アダプターとポリA配列の不正確なマッチングにも対応している。 このユーティリティは、複雑さの低い配列(ダスト)のフィルターを…

教師なしトリミングツール UrQt

信頼性の低いヌクレオチドがあると、後の分析において偽陰性および偽陽性の数を増加させるか、またはデノボアセンブリにおいて誤ったk-merを生成し、アセンブリを複雑にして誤ったアセンブルを引き起こす可能性がある[論文より ref.4]。信頼性の低いヌクレオ…

demulitiplexしてサンプルを分割する sabre

sabreはバーコードをdemulitiplexするツール。バーコードを除いたあと、バーコードに従って分割する。バーコードがないリードは別ファイルにまとめて出力される。gzip入力もサポートしている。 インストール Github https://github.com/najoshi/sabre git cl…

古いサンプルのデータ (fastqやbam) から効率的にアダプターを除く leeHom

古いDNAが断片化したサンプルからのシーケンスが増えている。しばしば数万年前のサンプルからも抽出される古代のサンプルのDNAは断片化が起きており、うまくDNAを抽出してもサイズが100-bpを超えることは滅多にない。短いDNAをペアードエンドでシーケンスす…

バーコードやアダプターをトリミングする AdapterRemoval v2

化石のようなサンプル(リンク)や昔の人の骨、歯から断片化したDNAを抽出してシーケンスシーケンスすることが増えており、それに伴ってアダプターに5'と3'両側が汚染されたシーケンスデータが増えてきている。AdapterRemoval は柔軟なパラメータセットを持…

並列化に対応し、高速にバーコードやアダプターをトリミングする FLEXBAR

2021/10/21, 24 インストール追記 FLEXBARはMultiplexで読んだシーケンスのdemultiplexやアダプタートリミングに使われるツール。柔軟な条件でランできる。よく使われているらしく、現在Flexbar3まで発表されている。解析時間は短く、100Mのリードなら数秒〜…

様々なバイオインフォマティクスツールの分析結果を1つに集約して分析できる MultiQC

2019 1/16 誤字修正および対応ツール情報更新 2019 12/29 ツイート追加 2020 1/17 condaインストール追記 2020 4/19 説明追記 2020 5/25 ツイート追記 今まで様々なNGSの評価ツールが発表されてきたが、それらは特定のデータを評価するものであり、プロジェ…

固有のindex(バーコード)を設計するTagGD

index (バーコード配列) を設計する際は、判別可能かつ無駄のない適切な長さ、増幅バイアスが起きないようなGC含量、実験データとの干渉がないなどを考える必要がある。それに加えて、index配列に塩基置換、indelなどのシーケンスエラーが起きる可能性がある…

Roche 454のクオリティトリミングツール QTrim

QTrimは454のトリミングツール。PRINSEQと同等のパフォーマンスを持つとされる。 公式HP http://hiv.sanbi.ac.za/software/qtrim#Installation webサーバー http://hiv.sanbi.ac.za/tools/#/qtrim インストール 公式HPから実行可能なバイナリと454のテストデ…

アダプターやプライマーのコンタミを除く AlienTrimmer

シーケンスされる長さより短いライブラリサイズのシーケンスを行うと、3'側にアダプタやバーコードが出現する。このような汚染配列があると、後の解析に悪影響を与える可能性があるため、クオリティチェックの時に除くのが望ましい。AlienTrimmerはユーザが…

アダプタートリミングツール Skewer

Skewerは並列化に対応したアダプタートリミングツール。ミスマッチの閾値を設定し、それ以上の配列を全てトリミングするように設計されている。シングルエンド、ペアードエンド、ロングインサートのメイトペアのシーケンスリードを扱うことができる。Demulti…

アダプター配列を自動検出し、トリミングするPEAT

PEATはアダプターの自動トリミングツール。アダプター配列を入力しなくても、頻出する配列を自動で探し出してトリミングを実行する。並列化にも対応しており、高速なトリミングが可能である。論文中ではChIP-seq、MNase-seq、およびRNA-seqなどのデータを使…

並列化に対応したアダプタートリミングツール Atropos

AtroposはCutadaptのフォークとして開発されたNGSのアダプタートリミングツール。並列化に対応しており、高速に動作する。Cutadaptよりセンシティブで(ミスマッチを考慮する)、miRNAやbisulfite-seq用のトリミングモードも備える。エラー率やアダプター配…

メタゲノムデータからホストゲノムのコンタミを除く KneadData

2020 4/1 9 インストール手順とhelp追記、タイトル修正 2021 6/11 link修正 バクテリアのメタゲノム解析では、度々ホストゲノムのコンタミリードがシーケンスされてしまうことがある。KneadDataはそのようなホスト由来のリードや低クオリティのリードをフィ…

アダンプタートリミングツール TagDust2

TgaDust2は、アダプター、バーコード、単純リピートなどの不要な情報を見つけて除去するツール。2009年にTagDustが発表され、その後2015年にTagDust2が発表された。 公式サイト TagDust インストール brewで導入できる。 brew install TagDust brewではTagDu…

ナノポアのロングリードのトリミングやフィルタリングを行うNanofilt

2019 2/14 コマンド追加 2019 5/19 ヘルプ追加、パラメータ変更 2019 12/30並列処理例追加 2020 10/10 リンク追加 nanofitはナノポアのロングリードのクオリティトリミングができるツールである。 インストール Github https://github.com/wdecoster/nanofil…

QC、エラー修復、トリミング、レポート作成を自動実行する AfterQC

AfterQCはfastqのフィルタリング、トリミング、エラー修復、およびクオリティチェックを全て自動で行なってくれるツールである。エラー修復はオーバーラップするペアードエンドリードのクオリティを比較して実行される。2017年に論文が発表された。 インスト…

マルチプルアライメンントのトリミングツール trimAI

2020 5/14 help追記 2021 1/23 condaによるインストール追記 マルチプルアライメントを行うとアライメントがほとんどできない領域ができることがあるが、そういった領域は情報として利用するのが難しいため、一般的に除去しても問題にならない。trimAIはラー…

クオリティトリミングを行う condetri

condetriはペアリードを考量してクオリティトリミングが行えるperlのツール。 公式サイト https://code.google.com/archive/p/condetri/ マニュアル ダウンロードしたディレクトリにPDFマニュアルあり。 インストール 本体はperlスクリプトである。 GIthub …

多機能なNGS分析ツール BBtools 其の2

20196/13 タイトル修正 2020 7/24 bbdukコマンド追記 の続き。BBtoolsの残りのコマンドを紹介する。紹介するのは以下のコマンド。 Reformat - フォーマット変換やクオリティトリミング。 Repair - ペアリードの順番が壊れたファイルを修復する。 Stats - ア…

fastqのクオリティレポートを出力する qrqc

qrqcは qrqcはリードのクオリティや配列の分布をレポートできるRのパッケージ。1000-bp以下のfastqに対応している。同様の目的で使用されるツールとしてfastqcがある。 インストール Rにて ## try http:// if https:// URLs are not supported source("https…

ベイズ的アプローチによるアダプタートリミングツール Scythe

Scytheはfastqのアダプター配列トリミングツール。ライブラリ調整過程でリード長より短い回断片が精製されてくると、3'末端側にアダプター配列のついた配列がシーケンスされる。これは例えばsmall RNAのシーケンスを想定するとわかりやすい。small-RNAのライ…

Nextera Mate Pair protocolのジャンクションプライマー除去ツール NxTrim

イルミナはmate pairシーケンスのキットも販売している。このプロトコルではNextraのトランスポゾンでタギングしたゲノムをセルフライゲーションさせて離れた配列を近づける。そのため中央にジャンクション配列が残る(図1 赤の配列)。NxTrimはそのジャン…

クオリティトリミングツール sickle

2020 10/31 インストール追記 2020 11/24 help追記 2021 6/15 コマンド追記 sickleはfastqのクオリティトリミングツール。リード長の0.1倍のウィンドウサイズでリードを分析し、指定値以下のクオリティになった領域をトリムする。Trimmomaticと同様、ペアリ…

ショートリードのアダプタートリミングツール Trim Galore

2019 5/8 インストールおよびヘルプ追記 2020 12/9 help更新 これまで様々なアダプタートリミングツールが報告されてきている。OMIC toolsで検索すると、2017年6月で35件ヒットする(OMIC toolリンク)。その中でもFastQC、cutadapt、Fastx-toolkitなどはよ…

ナノポアのアダプタートリミングツール Porechop

2020 5/18 インストール手順追記 PorechopはOXford Nanoporeのリードのアダプタートリミングツール。データベースを保持しており、自動でアダプター配列を認識し除去してくれる。マルチプレックスのidnex配列を除く機能も持つ。 ダウンロードリンク GitHub -…