bacteria
原核生物および真核生物のパンゲノムのアクセサリー遺伝子は、遺伝子水平伝播、loss of gene、および選択の影響により蓄積する。 Coinfinderは、パンゲノム内の相同な遺伝子（遺伝子ファミリー）のセットが偶然に予想されるよりも頻繁に相互に関連または解離…
培養に依存しない微生物群集の研究により、微生物群集の複雑さと代謝の可能性に対する理解が深まった。ただし、コミュニティへの個々のマイクロバイオームメンバーの貢献を理解するには、どの細菌が活発に複製しているかを判断することが重要になる。ドラフ…
2020 3/37 タイトル修正 Antimicrobial resistance（AMR）は、公衆衛生に対する脅威の増加である。 AMRを決定する現在の方法は、非効率的な表現型アプローチに依存しており、多くの病原体と抗菌薬の組み合わせのAMRメカニズムの理解が不完全なままとなってい…
2020 3/22 ツイート、関連ツールリンク追記 2020 3/25 コメント追記 2020 3/26 誤字修正 2020 5/12 インストール追記 1977年に、DNAシーケンスがフレデリックサンガーによってサイエンスコミュニティに導入された[ref.1]。それ以来、DNAシーケンスは、ジデオ…
BioHanselは、全ゲノムシーケンス（WGS）データで系統学的に有益な１塩基多型（SNP）（canonical SNPsとも呼ばれる）を識別することにより、細菌分離株の高解像度のジェノタイピングを実行する。このアプリケーションは、高速k-merマッチングアルゴリズムを…
2020 3/17 パラメータ追記、コマンド修正、タイトル修正 2020 3/18 追記 2020 5/11 説明追加 2020 8/13 論文追記 2020 12/9 ツイート追加 2021 2/24アップデートされたコマンドに修正 2021 10/7 ツイート追加 イルミナのテクノロジーを使用した細菌ゲノムの…
2020 3/8 コメント削除、タイトル修正 公共データベースで利用可能な微生物ゲノムの数は増え続けており、多くのin-silico分析、例えば 一塩基多型の検出、scaffolding、比較ゲノミクス、に必要なリファレンスゲノムの最適な選択がますます困難になってきてい…
細菌ゲノムは、広範な相同組換え、水平遺伝子導入、遺伝子損失、遺伝子重複などの複雑な進化の歴史によって形作られている。細菌ゲノムの定義されたセット内のすべての遺伝子で構成されるパンゲノムは、系統学的推論および集団研究の基礎を提供できる。ここ…
2020 7/29 論文追記 2021 10/18 パラメータ追記 細菌クローン間の遺伝子レパートリーの違いを見つけることは、病原性、抗生物質耐性、および代謝能力などの表現型の違いの遺伝的根拠を理解するために重要である。また、遺伝子の有無に関する情報を含む系統解…
2020 3/19 4/6 スクリプト修正、3/19 4/10 サンプル数が多い時のオプション追記、4/13 追記、5/11 リンク修正、5/25 わかりにくい文章を修正、roaryのランコマンド修正、インストール手順追記、5/27 コメント追加、6/7 ML法のコマンド追加,、proka並列ラン例…
バクテリア全ゲノムシーケンシングは急速に普及しており、高解像度の遺伝情報を迅速かつ費用対効果の高い方法で提供することにより、multilocus sequence typing（MLST）に取って代わっている（Didelot et al、2012; Wilson、2012）。遺伝学的データを使用し…
2020 4/25 help追記、タイトル変更 genome_updaterはNCBIゲノム（refseq / genbank）をダウンロードおよび更新するBashスクリプトである。データの更新、詳細ログの保持、ファイル整合性チェック（MD5）、そして並列[2]ダウンロードをサポートする。 インス…
リファレンスおよびtaxonomyに基づくショートリードの分類は、メタゲノムの基本的なタスクである。 シーケンス後に行うことができる環境サンプルからの各リードの起源の定義は、通常は量の推定、プロファイリング、およびアセンブリ前の最初のステップである…
現代のDNAシーケンシング技術は、単離した生物のみならず、生物のコレクション(メタゲノミクス)のDNA配列を決定する能力に革命をもたらした。一握りの特徴づけられた配列から新規ゲノムにコードされた遺伝子への自動アノテーションは、特に原核生物ゲノムで…
asqcanは、細菌ゲノム配列の自動アセンブリ、品質管理、アノテーション付けのためのワークフローパイプラインである。 最新のバクテリアシーケンシングプロジェクトには、かなりの数の単離株が含まれる場合があり、必要なQCとアノテーションの作成、実行に時…
細菌性病原体のゲノムシーケンスは、疫学者の防具の重要なツールになりつつある。パルスフィールドゲル電気泳動やMLSTなどの従来の分子タイピングアプローチよりも特異性と感度が向上し、遺伝子型の抗微生物薬耐性予測などの疫学関連データも提供される。た…
遺伝子近傍の検査は比較ゲノミクスの不可欠な部分だが、遺伝子クラスターのpublication品質のグラフィックスを作成するツールはない。 Gene Graphicsは、このようなビジュアルを作成するための簡単なWebアプリケーションである。サポートされている入力には…
2019 11/3 タイトル修正 これまでに特定されていない分類群を含む分類群の分類は、南極の乾燥した谷にある永久に氷に覆われた湖を含む、記載されていない生息地の微生物群集を特徴付ける重要なタスクである。現在の監視された系統発生ベースの方法は、そのよ…
2019 11/6 タイトル修正、説明追加 重要な生物学的および進化的洞察は、種の系統発生にわたる遺伝子および機能的アノテーションの有無を調査することにより生成できる。これらには、予期しない taxonomic occurrences の特定（ref.1）、遺伝子の進化的起源の…
2019 10/27 twitter追記2 019 10/27 ブラウザについて追記 大規模ゲノミクスは、微生物の理解を深めるために役立っている。微生物学は、数千のシーケンスされたゲノムを利用できるデータ集約型の分野に発展した（ref.1–3）。過去20年以上にわたり、シークエ…
iMicrobeは、研究者自身のデータを公開し、精選された微生物のメタゲノムデータセットと分析のための高性能コンピューティング（HPC）メソッドに接続するプラットフォームである[ref.1]。過去10年間で、シーケンシングのコストはムーアの法則をはるかに上回…
2020 3/3 論文追記 過去数十年にわたって、Genlisea aureaの63 Mb [ref.1]からPinus taedaの22 Gb [ref.2]までのサイズの多数の植物ゲノムアセンブリが生成された。このようなプロジェクトから生成されたゲノムリソースは、改良された作物品種の開発に貢献し…
環境試料および宿主関連試料（メタゲノミクスおよびメタトランスクリプトミクス）のDNAおよびRNAのハイスループットシークエンシングは、どの生物が試料中に存在するかを評価するための強力なツールである。Taxonomy同定ソフトウェアは通常、個々のショート…
2020 9/24 論文引用 完全な原核生物ゲノム間の構造的変化を視覚化することは、系統の違いの遺伝的基盤を特定するために重要である。これは通常、連続したペアワイズ比較または複数の線形の結果を線形レイアウトまたは環状レイアウトで表示することで実現され…
2019 11/17 補足説明追記 2019 12/28 インストールコマンド修正 2020 1/17 実行例追加 2020 10/19 help更新 (v.1.2.10) 2021 2/22 ツイート追記 本著者らはパブリックシーケンスデータベースへのゲノム送信をサポートする原核生物ゲノムアノテーションパイプ…
2020 7/28 追記、タイトル修正 DNA-DNAハイブリダイゼーション（DDH）は、古細菌および細菌種の描写のための分類学的ゴールドスタンダードとして現在も使用されているウェットラボ法である。 2つのそれぞれの生物のゲノムDNAがDDHの類似性が70％未満であるこ…
私（論文のオーサー；hereafter、私）の最近の研究では、低品質の細菌ゲノム配列（ここでは「多くのコンティグを含むゲノム配列アセンブリ、最終的には明らかなミスアセンブリと未解決のプラスミド配列」と定義）を扱ってきた。主要な問題は、ゲノムのクオリ…
プラスミドはバクテリアで一般的なextra-chromosomalのDNA分子である。プラスミドは、それらの長さ（それらはchromosomeよりはるかに短い傾向がある）、コピー数（プラスミドは細胞内に複数のコピーで存在する場合がある）およびGC含有量などの様々な特徴に…
近年、次世代シークエンシング（NGS）と呼ばれる新しいDNAシークエンシング技術の開発により、ゲノムシークエンシングのコストと時間が劇的に減少した。現在、publicデータベースの原核生物ゲノム配列数は約7万に達している（論文執筆時点）。大規模ゲノムデ…
2020 10/16 タイトル変更、誤字修正 2021 10/7 画像一部更新 原核生物は、研究開発との関連性が高い多種多様な表現型形質を発現する。バクテリアのメタデータのホットスポットとしてよく利用できるのは、最初の（一次）文献で報告された種の説明と、生物資源…
