macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2021-01-26から1日間の記事一覧

高速なONTロングリードの前処理ツール nanoq

2022 1/11 論文引用 基本的なシーケンス品質管理とサマリー統計の計算は、リードをパースするのがボトルネックになることにより少し時間がかかる場合がある。Nanoq は、needletail および rust-bio ライブラリを使用した fastx ファイルに対して、欠陥のある…

RNAの二次構造を予測する UFold 

多くのRNA分子にとって、二次構造はRNAの補正機能に欠かせないものである。ヌクレオチド配列からRNAの二次構造を予測することは、ゲノミクスにおける長年の課題であるが、予測性能は時間の経過とともにプラトーに達している。従来のRNA二次構造予測アルゴリ…