GigaScience
2020 12/29 タイトル修正 複数ファイルのk-merをカウントし、共通/固有のk-merを抽出できる Genome Tester4 ＝＞複数ファイルのk-merをカウントし、共通/固有のk-merを抽出する Genome Tester4 GenomeTester4はk-merをカウントしたり、操作するためのパッケ…
2020 8/7 インストール追記 Rcorrectorはシーケンスカバレッジが異なるデータに適応可能なエラー補正の方法論。RNAのNGSデータだけでなく、カバレッジが不均一なシングルセルに対しても適応可能となっている（ウィルスも可能？）。もう一つのRNA用エラーコレ…
NanoSImは2017年に発表されたOxford nanoporeのロングリードのシミュレーター。ユーザーが指定したONTリードからプロファイルを作成し、それに基づいてロングリードを発生させることができる。 インストール 依存 minimap2 (Tested with version 2.10) LAST …
7/10 LAST コマンドミス修正 bwa memとLASTがナノポア向けにチューニングされたとナノポア公式ページでアナウンスされている。 https://nanoporetech.com/publications/bwa-and-last-have-been-tuned-work-nanopore-reads bwa memはショートリード時代から1M…
