高速なツール
2020 4/10 タイトル修正、説明と図追加 RaNA-Seqは、RNA-Seqデータを迅速に解析・可視化するためのクラウドプラットフォームである。FASTQファイルの定量、品質管理指標の計算、発現変動遺伝子の解析の実行、機能解析による結果の説明を可能にすることで、数…
2020 4/10 引用追加、タイトル修正 2021 1/4 追記 2023/5/30追記 2024/02/26 追記 機能研究、進化研究、疫学研究のために比較ゲノムを使用するには、与えられた種での発現の観点から遺伝子ファミリーを分類する方法が必要である。これらの方法は、通常、分割…
2020 3/17 パラメータ追記、コマンド修正、タイトル修正 2020 3/18 追記 2020 5/11 説明追加 2020 8/13 論文追記 2020 12/9 ツイート追加 2021 2/24アップデートされたコマンドに修正 2021 10/7 ツイート追加 イルミナのテクノロジーを使用した細菌ゲノムの…
オックスフォード・ナノポア・テクノロジーズやパシフィック・バイオサイエンスなどのプラットフォームからの第三世代シーケンシング技術は、より連続したアセンブリを構築し、ゲノムを完全に再構築する道を開いた。これらのテクノロジーで生成されより長い…
ゲノム（メタゲノムを含む）の数は加速的に増加している。 近い将来、数百万のゲノム間のペアワイズ距離を推定する必要があるかもしれない。 クラウドコンピューティングを使用しても、そのような推定を実行できるソフトウェアはほとんどない。マルチスレッ…
2020 3/7 パラメータの表記ミス修正 ロングリードシーケンシング技術の継続的な改善により、高品質のゲノムを約束する新しいde novoアセンブリ時代が始まっている。ただしロングリードのみを使用して、大規模で反復性の高いヒトゲノムの正確なゲノムアセンブ…
初期のヒトゲノムプロジェクトと安価なDNAシークエンシング技術の技術の開発は、学術研究とゲノム情報を使用して人間の健康を改善する産業の両方を進歩させた。それは、遺伝子型と表現型の関連と多くの重要かつ臨床関連のアプリケーションのための貴重な情報…
2020 1/19 コマンドの誤り修正 2020 1/20 twitter追記 2020 6/25 論文追記、リンク切れ更新 次世代シーケンシングにより、ヒト機能ゲノミクス（Morozova and Marra、2008）から微生物メタゲノミクス（Gilbert and Dupont、2011）までの分野で劇的な進歩が可…
DNAシーケンサーによって生成されたフラグメント（リード）からゲノムを再構築するゲノムアセンブリと、種間または種内の遺伝的変異を調べるためのその解析は、ゲノミクスの中心である。 Pacific Biosciences（PacBio）やOxford Nanopore Technologies（ONT…
第3世代のシーケンシングの開発にもかかわらず、高いスループットと低いエラーレートのショートリードプラットフォームは多くの生物学的分析に不可欠なままである。 これらは、とりわけ、スモール（Kim et al、2018）および構造（Cameron et al。、2019）変…
マルチプルシーケンスアラインメント（MSA）は、生物学的シーケンス解析の重要なタスクのままである。 MSAプログラムは、Consistency-based のメソッドとprogressive なメソッドに分けることができる。後者は、ペアワイズシーケンス距離を推定し、ガイドツリ…
2019 11/17 補足説明追記 2019 12/28 インストールコマンド修正 2020 1/17 実行例追加 2020 10/19 help更新 (v.1.2.10) 2021 2/22 ツイート追記 本著者らはパブリックシーケンスデータベースへのゲノム送信をサポートする原核生物ゲノムアノテーションパイプ…
2023/09/20 バージョンされたコマンドに更新 次世代シーケンシング（NGS）技術の進歩により、近い将来に精密医療のさまざまなアプリケーションをサポートできるようになってきている（Ku and Roukos、2013）。ますます多くの医学的および生物学的研究でNGS技…
パーソナルゲノミクスと比較ゲノミクスは、臨床診療とゲノム研究においてますます重要になっている2つの分野である。両方のフィールドは、配列の保存と構造の変化を発見するためにシーケンスアラインメントが必要である。ゲノム配列のアラインメントを処理す…
近年、シーケンスの数が著しく増加している。これにより、データベース検索（ref.1〜4）がますます長くなり、無料のコンピューティングサービスと事前に計算されたデータベースが閉鎖に追い込まれたりまたは依存するようにクラウドソーシング（ref.5〜7）に…
2019 8/17 タイトル修正 、tips追記 ゲノムデータおよびトランスクリプトームデータに生物学的意味を与えることは、特にハイスループットテクノロジーによって生成される大量のデータと、この目的のために開発されたツール、Webサーバー、およびデータベース…
2020 3/14 動画追加 2020 9/30 論文引用追加 2022/02/04 v0.9 2022/06/08 アップデートに伴いコマンド修正, help更新 ロングリードシーケンシング技術からヒトゲノムアセンブリを作成する現在のワークフローは、大きなコホートへの効率的な拡大を妨げるコス…
2020, 2021 9/17 追記 elPrep 4はelPrep [ref.1]の大幅に拡張された再実装であり、DNAシーケンシングパイプラインでのバリアントコールのシーケンスアライメント/マップファイル（SAM / BAM）[ref.2]を準備するためのマルチスレッドツールである。パイプライ…
2019 コマンドの誤り修正 2020 3/30 バージョンによるコマンドの違いを記載 2020 3/31 version0.6.0のコマンドを一番下に追記 2020 4/23 論文追記 第三世代DNAシーケンシング法（PacBio、オックスフォードナノポア）は、リファレンスゲノムの構築（デノボア…
メタゲノミクスは、特定の微生物群集のゲノム含有量を研究するための培養に依存しないアプローチである。典型的なメタゲノミクス研究では、環境サンプルから微生物のDNAが抽出され、次世代シークエンシング（NGS）技術を使用してシークエンシングされる。中…
インストール 以前の記事を参照 > mmseqs $ mmseqs MMseqs2 (Many against Many sequence searching) is an open-source software suite for very fast, parallelized protein sequence searches and clustering of huge protein sequence data sets. Please…
2019 6/26 誤字修正 メタゲノミックショットガンシークエンシングは、関心のある微生物混合群からDNAを抽出し、無作為に抽出されたDNAをディープシーケンシングする。これは、特定の標的遺伝子領域が増幅およびシーケンシングされるマーカー遺伝子シーケンシ…
リファレンスゲノムへのリードのマッピングは、シークエンシングデータ解析パイプラインの最初のステップである。シーケンシングコストが削減していることから、合理的な時間内に増大する量の生成データを処理することができるアルゴリズムに対する必要性が…
2020 5/23 タイトル補足、ravenインストール追記 2020 8/11 引用にpreprint追記 2021 5/24 論文引用 2022/06/08 help更新 Ra（現在はRaven）は、第3世代シーケンシングによって生成されたrawシーケンシングリードの高速で使いやすいアセンブラである。 以下…
BBMapの追加コマンドについて紹介します。 BBMap Guide https://jgi.doe.gov/data-and-tools/bbtools/bb-tools-user-guide/bbmap-guide/ callvariants.sh Introducing CallVariants, a new variant caller in #BBMap! CallVariants is 81x faster than mpilu…
2019 6/13 tweetリンク追加、誤字修正 MarginPolishはグラフベースのアセンブリのpolisher。入力としてFASTAアセンブリとインデックス付きBAM（ONTのアセンブリ配列へのアラインメント）を受け取り、polishingしたFASTAアセンブリを生成する。 MarginPolish…
Massively parallel high-throughput sequencing (HTS) 技術の登場により、シーケンシング能力は劇的に増加している。増加するHTSデータに対処するための新しい計算方法の多くは、k-mer（k塩基の文字列）をシーケンスの分析の最小単位として使用する。例えば…
2019 6/25 twitter追記 2024/04/03 引用追加 メタゲノム研究の主な制限は、ショートリードの大部分（土壌で80％ - 90％[1]）を、遺伝子およびタンパク質配列の予測を可能にするのに十分な長さの連続した配列（contigs）にアセンブリすることができないことで…
次世代シーケンス（NGS）データは生命メカニズムへの前例のないアクセスを提供する。特に、これらのデータは染色体、個体または種間の遺伝的差異を評価することを可能にする。そのような多型は、農学、環境または医学における多数の用途を有する生物学の多く…
微生物は他のどの細胞生物よりも豊富であり（Whitman、Coleman＆Wiebe、1998年）、どの生物が存在し、それらが何をしているのかを理解することが重要である（Handelsman、2004）。多くの環境では、微生物群集の大多数は培養できず、メタゲノムは未培養のゲノ…
