2023/03/02 プレプリント追記、タイトル修正 wikiより Diamondは、CD-HITやUClustと同様に、ユーザーが定義したクラスタリング基準に基づいて配列をクラスタリングし、セントロイドまたは代表配列のセットを見つけ、クラスタリング基準対セントロイドが満た…

gbseqextractorはタイトルの通りgbseqextractorはGenbankファイルから遺伝子やrNRA、tRNAの配列を返すツール。Biopython (http://www.biopython.org/) が使われている。 インストール Github #ここではcondaの仮想環境に導入。mamba create -n gbseqextracto…

ゲノムデータの量が増え続ける中、このデータを整理、探索、比較、分析、共有するための体系的な方法の必要性が高まっている。しかし、このようなニーズに対応する適切なプラットフォームがないのが現状である。OpenGenomeBrowserは、ゲノムデータへのアクセ…

低価格のDNAシーケンス技術により、ゲノム、トランスクリプトーム、生態系全体のメタゲノム解析における直接核酸シーケンスの役割は拡大しています。このような大規模なデータセットに対する人間や機械の理解は、配列断片を長く連続した配列ブロック（コンテ…