macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

アセンブル結果の分析および統合を行う CAMSA

 

 様々な計算技術および湿式実験技術を利用して、ドラフトゲノムからゲノムを再構築する方法が多数存在するが、それらはアセンブリの一部のみを生成する。したがって、異なる方法によって作製されたアセンブリ結果を比較し、併合することが重要となるが、手動で実行するとかなりの労力がかかる。CAMSAは2つ以上のアセンブリの比較分析および併合のためのツール。CAMSAは、いくつかの比較品質メトリックを含む広範なレポートを作成しし、さらに統合されたscaffoldsを構築する。

 

公式ページ

https://cblab.org/camsa/

入力ファイル

https://github.com/compbiol/CAMSA/wiki/Input

 

インストール 

Github

https://github.com/compbiol/CAMSA

pipで導入できる。

sudo pip install CAMSA
run_camsa.py --help #テストラン

  

ラン

まずコンティグのFASTAファイルをCAMSAの入力フォーマットに変換する。

fasta2camsa_points.py contigs.fasta scaffolds.fasta -o OUTDIR 
  • -o OUTPUT_DIR Output directory to store temporary and final files.

f:id:kazumaxneo:20171128191245j:plain

 scaffolds.camsa.pointsができる。

 

run_camsa.py f1.camsa.points -o output_dir

インタラクティブな分析htmlレポートも出力される。

f:id:kazumaxneo:20180320213134j:plain

 

引用

CAMSA: a Tool for Comparative Analysis and Merging of Scaffold Assemblies

Sergey S. Aganezov, Max A. Alekseyev

Aug. 11, 2016;  doi: https://doi.org/10.1101/069153

https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2016/08/11/069153.full.pdf