macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

アセンブル結果の分析ツール CAMSA

 

 

公式ページ

https://cblab.org/camsa/

入力ファイル

https://github.com/compbiol/CAMSA/wiki/Input

 

インストール 

Github

https://github.com/compbiol/CAMSA

pipで導入できる。

sudo pip install CAMSA
run_camsa.py --help #テストラン

 

 

ラン

まずコンティグのFASTAファイルをCAMSAの入力フォーマットに変換する。

fasta2camsa_points.py contigs.fasta scaffolds.fasta -o OUTDIR
  • -o OUTPUT_DIR Output directory to store temporary and final files.

f:id:kazumaxneo:20171128191245j:plain

 scaffolds.camsa.pointsができる。

 

 

 

run_camsa.py f1.camsa.points -o output_dir

 

 

 

引用

CAMSA: a Tool for Comparative Analysis and Merging of Scaffold Assemblies

Sergey S. Aganezov, Max A. Alekseyev

Aug. 11, 2016;  doi: https://doi.org/10.1101/069153

https://www.biorxiv.org/content/biorxiv/early/2016/08/11/069153.full.pdf