macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ゲノム比較のmurasakiと結果を表示するGMV

 

murasakiは複数ゲノムの相同性ある領域の探索を高速に行うツールで、GMVはその比較結果を見るためのビューアソフトである。領域によってカラフルな色がつくので、ゲノムリアレンジメントなどの構造変化をわかりやすく示すことができる。

 

公式サイト

murasaki genomemurasaki genome

 

murasakiのインストールはこの方のブログを参考にしてください。


下のような図を出力できる。

f:id:kazumaxneo:20170623134158j:plain

4種の非常に近縁なシアノバクテリアを比較。右端にはANI値を載せた。

 

ランさせた時の様子はこのような感じになる。

動画では、genebankファイルを2つ選択してmurasakiで相同性を調べ、出力されたフォルダをGMVで表示している。

 

著者らによるアルゴリズムの説明とチュートリアル

Yasunori Osana @ University of the Ryukyus

こちらも貼っておきます。

Yasunori Osana @ University of the Ryukyus

 

 

 

引用

Murasaki: a fast, parallelizable algorithm to find anchors from multiple genomes.

Popendorf K1, Tsuyoshi H, Osana Y, Sakakibara Y. PLoS One. 2010 Sep 24;5(9):e12651.

doi: 10.1371/journal.pone.0012651.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20885980