vertebrate
2020
G3: Genes, Genomes, Genetics
eukaryotic genome annotation
large genome
microbial eukaryotes
結果の視覚化 (visualization)
web tool
ゲノム比較 (comparative genomics)
vertebrate
reference genome
protozoa
evaluation tool
contamination
plant
polyploid
animal
assembly
database
human genome
2020 6/15 追記 種の起源について不可知なシーケンスデバイスによって作成されたシーケンシングデータから標的ゲノムを再構築する場合、汚染された DNA によって混同される可能性がある。サンプル処理中に混入した場合でも、標的DNAとの共抽出によって混入し…
2019
Preprint
annotation
assembly
evaluation tool
ゲノム比較 (comparative genomics)
plant
bacteria
fungi
insect
metazoa
vertebrate
web tool
2020
BMC Genomics
2020 3/3 論文追記 過去数十年にわたって、Genlisea aureaの63 Mb [ref.1]からPinus taedaの22 Gb [ref.2]までのサイズの多数の植物ゲノムアセンブリが生成された。このようなプロジェクトから生成されたゲノムリソースは、改良された作物品種の開発に貢献し…
2018
Genome Biology
metagenome
生物種の推定 (taxonomic profiling)
高速なツール
virus
archaea
microbial eukaryotes
contamination
protozoa
plant
vertebrate
human genome
clinical and diagnostic
k-mer
abundance estimation in metagenomics data
HyperLogLog
2019 1/17 エラー修正 メタゲノミクス分類手法は、データセット内の各リードに taxonomic identityをアサインすることを試みる。メタゲノミクスデータにはしばしば何千万ものリードが含まれているため、分類は、通常、長さk（k-mers）の短いワードの正確な一…
fungi
human genome
plant
virus
download
archaea
Viruses
protozoa
vertebrate
invertebrate
taxonomy ID
NCBI
2019 11/8 コマンドのミス修正（"Escherichia coli" => "Escherichia"） 2019 12/19 関連ツールリンク追加 タイトルの通りの機能をもつスクリプト。 ncbi-genome-downloadに関するツイート インストール mac os10.13のminiconda2-4.0.5環境でテストした。 依…
