vertebrate
2019
Preprint
annotation
assembly
evaluation tool
ゲノム比較 (comparative genomics)
plant
bacteria
fungi
insect
metazoa
vertebrate
web tool
過去数十年にわたって、Genlisea aureaの63 Mb [ref.1]からPinus taedaの22 Gb [ref.2]までのサイズの多数の植物ゲノムアセンブリが生成された。このようなプロジェクトから生成されたゲノムリソースは、改良された作物品種の開発に貢献し、ゲノムサイズ、構…
2018
Genome Biology
metagenome
生物種の推定 (taxonomic profiling)
高速なツール
virus
archaea
microbial eukaryotes
contamination
protozoa
plant
vertebrate
human genome
clinical and diagnostic
k-mer
abundance estimation in metagenomics data
HyperLogLog
2019 1/17 エラー修正 メタゲノミクス分類手法は、データセット内の各リードに taxonomic identityをアサインすることを試みる。メタゲノミクスデータにはしばしば何千万ものリードが含まれているため、分類は、通常、長さk（k-mers）の短いワードの正確な一…
fungi
human genome
plant
virus
download
archaea
Viruses
protozoa
vertebrate
invertebrate
taxonomy ID
NCBI
2019 11/8 コマンドのミス修正（"Escherichia coli" => "Escherichia"） タイトルの通りの機能をもつスクリプト。 ncbi-genome-downloadに関するツイート インストール mac os10.13のminiconda2-4.0.5環境でテストした。 依存 本体 GIthub #anaconda環境なら…
