vertebrate
2018
Genome Biology
metagenome
生物種の推定 (taxonomic profiling)
高速なツール
virus
archaea
microbial eukaryotes
contamination
protozoa
plant
vertebrate
human genome
clinical and diagnostic
k-mer
abundance estimation in metagenomics data
HyperLogLog
2019 1/17 エラー修正 メタゲノミクス分類手法は、データセット内の各リードに taxonomic identityをアサインすることを試みる。メタゲノミクスデータにはしばしば何千万ものリードが含まれているため、分類は、通常、長さk（k-mers）の短いワードの正確な一…
fungi
human genome
plant
virus
download
archaea
Viruses
protozoa
vertebrate
invertebrate
taxonomy ID
タイトルの通りの機能をもつスクリプト。 ncbi-genome-downloadに関するツイート インストール mac os10.13のminiconda2-4.0.5環境でテストした。 依存 本体 GIthub #anaconda環境ならcondaで導入できるconda install -y -c bioconda ncbi-genome-download >…
