macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

target enrichment

指定した遺伝子のターゲットエンリッチメントを行う HybPiper

HybPiperは系統解析などを行うために遺伝子領域のエンリッチメントを行うことができるツール。NGSのリードを出発点として、準備した遺伝子配列セット(bait)にリードをアライメントし(BWA, BLAST)、spadesで個別にアセンブルを実行する。出力はcDNA配列と…